Η επαρχία Κυδωνίας φιλοξένησε ένα μεγάλο αριθμό μοναστηριών και ερημητηρίων. Ειδικότερα στο αφιλόξενο και απομονωμένο Ακρωτήρι δεκάδες ασκητές ζούσαν τον αυστηρό μοναχικό τους βίο σε σπήλαια, ακολουθώντας τα βήματα του Οσίου Ιωάννη του Ερημίτη. Σε αντίθεση με το Ακρωτήρι, η εύφορη πεδιάδα γύρω από τα Χανιά φιλοξένησε πολλά οργανωμένα μετόχια και μονές με μεγάλες εκτάσεις ελαιώνων και αμπελώνων.
Σπήλαιο Αγίου Γερασίμου στο Μόδι 
Το σπήλαιο αυτό, μακριά από τον κόσμο επέλεξε σύμφωνα με την παράδοση να μονάσει ο σημερινός πολιούχος της Κεφαλληνίας Άγιος Γεράσιμος. Συγκεκριμένα σε ηλικία 49 ετών και αφού ήδη είχε καρεί μοναχός και είχε περάσει από τη Ζάκυνθο, το Άγιο Όρος και τους Άγιους Τόπους ήρθε στην Κρήτη.
Σε μικρή απόσταση από το σημείο που υπήρχε κάποτε ο ιστορικός Πύργος των Da Molin στον Αλικιανό, συναντάμε το σταυροειδή Βυζαντινό ναό του Αγίου Γεωργίου. Ο ναός χρονολογείται στον 14ο-15ο αιώνα και φέρει τοιχογραφίες του Παύλου Προβατά (1430).
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου στο Σέμπρωνα βρίσκεται στην γειτονιά Μπομπολιανά. Είναι μικρός καμαροσκέπαστος μονόχωρος ναός που είναι αφιερωμένος στην Αποτομή της Κεφαλής του Αγίου Ιωάννη (εορτ. 29 Αυγούστου).
Ο σπουδαίος Βυζαντινός ναός της Ζωοδόχου Πηγής βρίσκεται ανάμεσα στα χωριά Κουφός και Αλικιανός, σε μια τοποθεσία με καλλιέργειες εσπεριδοειδών. Ο ναός είναι γνωστός κι ως Άγιος Κυρ Γιάννης από το όνομα του Αγίου Ιωάννη του Ξένου ή Ερημίτη που τον ίδρυσε περίπου το 1030.
Πάνω στο δρόμο που πηγαίνει από την πόλη των Χανίων στα Κεραμιά και λίγο πριν το χωριό Μαλάξα συναντάμε το μικρό εκκλησάκι του Αγίου Ανδρέα. Ο Άγιος Ανδρέας υπήρξε πάντα ένα σημείο ορόσημο για την περιοχή λόγω της παρακείμενης πλούσιας σε νερό πηγής που ξεδιψούσε τους οδοιπόρους της περιοχής στο δρόμο τους προς τα χωριά των Κεραμιών.
Στο έρημο σήμερα χωριό Δρακιανά κοντά στη λίμνη της Αγυιάς και στις όχθες του ποταμού Κερίτη, συναντάμε τον μικρό Βυζαντινό ναό του Αγίου Γεωργίου του Μεθυστή που φέρει ίχνη τοιχογραφιών της Ενετοκρατίας. Στον περίβολό του σώζεται τάφος. Ο ναός εορτάζει στις 3 Νοεμβρίου με λαμπρότητα, όταν ανοίγουν τα βαρέλια με το κρασί.
Ένα από τα πολλά μονύδρια που διασώζονται στο Ακρωτήρι σήμερα είναι κι αυτό του Αγίου Γεωργίου του Απιδιώτη που βρίσκεται μέσα στο φαράγγι του Μαυρέ, στην περιοχή όπου υπήρξε ένας μικρός οικισμός που σήμερα έχει ερειπωθεί. Ο λιτός ναός είναι κτισμένος σε ένα από τα πολλά σπήλαια που βρήκαν καταφύγιο οι ασκητές του Ακρωτηρίου και έχει ωραία θέα μέσα στη χαράδρα.
Ο σημερινός μικρός ναός της Παναγίας της Θεοτόκου στην Αγιά είναι κτισμένος στο πλάι της μεγάλης τρίκλιτης Βασιλικής του 5ου αιώνα, η οποία ήταν η έδρα της Επισκοπής Κυδωνίας και Αποκορώνου. Ο ναός μετασκευάσθηκε τον 10ο-11ο αιώνα, μετά από καταστροφή που πιθανώς υπέστη από τους Άραβες, αλλά σήμερα η στέγη έχει καταρρεύσει. Τα κλίτη χωρίζονται από κιονοστοιχίες και υπάρχει ημικυκλική αψίδα στο μεσαίο κλίτος.
