Η επαρχία Κυδωνίας φιλοξένησε ένα μεγάλο αριθμό μοναστηριών και ερημητηρίων. Ειδικότερα στο αφιλόξενο και απομονωμένο Ακρωτήρι δεκάδες ασκητές ζούσαν τον αυστηρό μοναχικό τους βίο σε σπήλαια, ακολουθώντας τα βήματα του Οσίου Ιωάννη του Ερημίτη. Σε αντίθεση με το Ακρωτήρι, η εύφορη πεδιάδα γύρω από τα Χανιά φιλοξένησε πολλά οργανωμένα μετόχια και μονές με μεγάλες εκτάσεις ελαιώνων και αμπελώνων.
Ναός Παναγίας στα Μεσκλά 
Στα Μεσκλά Κυδωνίας συναντάμε δύο ναούς αφιερωμένους στην Παναγία, που είναι και η προστάτιδα του χωριού. Ο αρχικός παλιός ναός που είναι αφιερωμένος στη Σύλληψη της Θεοτόκου κτίστηκε πάνω στα ερείπια αρχαίου ιερού της Δήμητρας. Ήταν ο κεντρικός ναός του χωριού ως το 1972, όταν ξεκίνησε τη λειτουργία της η μεγαλύτερη εκκλησία που κτίστηκε λίγα μέτρα παραδίπλα, παρομοίως αφιερωμένη στην Παναγία.
Ο ναός του Σωτήρα Χριστού είναι μονόχωρος με δύο αψιδώματα και εξαιρετικές τοιχογραφίες. Υπάρχει επιγραφή του 1303, που αναφέρει ότι ζωγράφοι ήταν ο Θεόδωρος Δανιήλ και ο Μιχαήλ Βενέρης. Στο νάρθηκα οι τοιχογραφίες χρονολογούνται στον 15ο αιώνα.
Σπήλαιο Αρκουδόσπηλιος 
Ο Αρκουδόσπηλιος ή το Σπήλαιο της Παναγίας της Αρκουδιώτισσας βρίσκεται στο Ακρωτήρι Χανίων, 2km βόρεια της μονής Γουβερνέτου, μέσα στο φαράγγι Αυλάκι που συνδέει τη μονή με την Μονή Καθολικού. Η σπηλιά είναι γνωστή για τον βράχο σε σχήμα αρκούδας, που έκανε στην αρχαιότητα το σπήλαιο λατρευτικό χώρο της Άρτεμης.
