Η επαρχία Κυδωνίας φιλοξένησε ένα μεγάλο αριθμό μοναστηριών και ερημητηρίων. Ειδικότερα στο αφιλόξενο και απομονωμένο Ακρωτήρι δεκάδες ασκητές ζούσαν τον αυστηρό μοναχικό τους βίο σε σπήλαια, ακολουθώντας τα βήματα του Οσίου Ιωάννη του Ερημίτη. Σε αντίθεση με το Ακρωτήρι, η εύφορη πεδιάδα γύρω από τα Χανιά φιλοξένησε πολλά οργανωμένα μετόχια και μονές με μεγάλες εκτάσεις ελαιώνων και αμπελώνων.
Ναός Αγίων Παντελεήμονα και Δημητρίου στο Γαρίπα 
Ο ναός των Αγίων Παντελεήμονα και Δημητρίου βρίσκεται στον οικισμό Γαρίπας, κοντά στα Περιβόλια Κυδωνίας. Είναι δίκλιτος ναός που ανάγεται στην περίοδο της Ενετοκρατίας και έχει αναστηλωθεί. Το βόρειο κλίτος είναι αφιερωμένο στον Άγιο Παντελεήμονα και το νότιο στον Άγιο Δημήτριο. Εξωτερικά, το νότιο κλίτος φέρει 3 τυφλά αψιδώματα.
Ο Γαρίπας Κυδωνίας Χανίων πέρα από την φυσική ομορφιά που διαθέτει κρύβει και 2 ερειπωμένες σήμερα κατάγραφες βυζαντινές εκκλησίες. Μία από αυτές είναι ο δίκλιτος ναός του Αγίου Γεωργίου και του Αγίου Νικολάου που βρίσκεται σχεδόν πάνω στο δρόμο της περιοχής.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στον Αργουλιδέ Ακρωτηρίου είναι κτισμένος τον 14ο αιώνα, όπως και ο κοντινός ναός των Αγίων Αρτεμίου και Παρασκευής. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα στο εσωτερικό του και μαζί με τους ναούς του Μιχαήλ Αρχάγγελο και του Ευαγγελισμού στο Βόθωνα αποτελούν τους μόνους ναούς του Ακρωτηρίου που διασώζουν τις τοιχογραφίες τους.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου Κουμπελή βρίσκεται στην τοποθεσία Σόδι ανατολικά των Χανίων και στη δυτική βάση του Ακρωτηρίου Χανίων, πολύ κοντά στις εγκαταστάσεις του βιολογικού καθαρισμού.
Ανάμεσα στο Αρώνι και στον Αργουλιδέ Ακρωτηρίου Χανίων συναντάμε τον δίκλιτο ναό του Αγίου Αρτεμίου και της Αγίας Παρασκευής. Ο γραφικός αυτός βυζαντινός ναός φαίνεται να χτίστηκε σε δυο φάσεις με το δεξιό κλίτος που ανήκει στην Αγία Παρασκευή να είναι μάλλον το αρχαιότερο. Ανάμεσα στις δύο πόρτες του ο ναός έχει παλιό πηγάδι που συγκέντρωνε το νερό της βροχής ενώ υπάρχει και λαξευτή πέτρινη γούρνα στο φυσικό βράχο.
Ένας από τους πιο άσημους ναούς στο Ακρωτήρι είναι αυτός του Αγίου Γεράσιμου στο Αρώνι. Ο Άγιος Γεράσιμος είναι ένας πολύ καινούριος ναός από αυτούς που κανείς σχεδόν δεν τους δίνει σημασία. Κι όμως κι αυτός έχει ιδιαίτερη σημασία επειδή είναι χτισμένος πάνω σε πολύ παλιότερο ναό του Αγίου Γερασίμου που προυπήρχε στον ίδιο χώρο. Ο παλιός ναός μάλλον καταστράφηκε στην διάρκεια των πολλών πολέμων και επαναστάσεων που έχει βιώσει το νησί της Κρήτης και έχει σήμερα ξεχαστεί.
Ο ναός της Αγίας Παρασκευής στο Πλατάνι χτίστηκε πριν από 100 περίπου χρόνια στην θέση μιας πολύ σημαντικής για όλη την περιοχή πηγής νερού στους πρόποδες του όρους Βερέκυνθος. Η πηγή βρίσκεται στο εσωτερικό του ναού και δεν έχει στερέψει ποτέ. Υπάρχει ειδικό γυάλινο σκέπαστρο στο σημείο της πηγής μέσα στο ναό κι έτσι οι προσκυνητές μπορούν να το δούνε.
Η εκκλησία της Παναγίας στο Θέρισο Χανίων βρίσκεται κάτω από ένα τεράστιο πλάτανο της πλατείας του χωριού και δίπλα στο άγαλμα του Ελευθερίου Βενιζέλου. Στο χώρο υπάρχει ο τάφος του ήρωα Στέφανου Χάλη, οπλαρχηγού της περιόδου 1820-1822, ο οποίος σκοτώθηκε στη μάχη στη θέση Αλιάκες στις 25 Ιουλίου 1822.
