Ο ναός του Αγίου Ανδρέα βρίσκεται στην τοποθεσία Κακά Πηλά και κτίστηκε τον 14-15ο αιώνα. Ο ναός που αποτελεί μετόχι της Μονής Παναγίας Οδηγήτριας φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες στο εσωτερικό του.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στον Καμαριώτη είναι τρίκλιτη βασιλική του 14ου αιώνα με θόλο και εξωτερικό νάρθηκα. Το θύρωμα του νάρθηκα είναι πλούσια διακοσμημένο, όπου δεσπόζει το λιοντάρι του Αγίου Μάρκου (το σύμβολο της Βενετίας) και το οικόσημο των Καλλέργηδων, μιας από τις ισχυρότερες οικογένειας Κρητών που είχαν αποσπάσει ιδιαίτερα προνόμια από τους Ενετούς.
Ο ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος Χριστού βρίσκεται μέσα στο όμορφο φαράγγι του Ορεινού και θα το συναντήσετε κατά την κατάβαση του μονοπατιού που οδηγεί στον Κουτσουρά. Ο ναός φέρει αξιόλογες τοιχογραφίες σε πολύ καλή κατάσταση, ενώ εντύπωση προκαλεί και η αρχιτεκτονική του, καθώς είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με δύο ισομεγέθεις αίθουσες στα πλαϊνά.
Ο ναός της Παναγίας στο Αρκαλοχώρι είναι αφιερωμένος στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Ενώ φαίνεται νεώτερος ναός, είναι Βυζαντινός και κάτω από τους σοβάδες πιθανότατα κρύβει εξαιρετικές τοιχογραφίες. Υπάρχουν τμήματα που έχουν αποκαλυφτεί.
Ο ναός της Αγίας Άννας κοντά στον Οψιγιά είναι δίκλιτος ναός (αρχικά μονόχωρος στον οποίο προστέθηκε δεύτερο κλίτος). Ο βόρειος τοίχος κατέρρευσε τον 13ο αιώνα και ξανακτίστηκε με δυτικές επιρροές. Αναστηλώθηκε το 1960.
Στην περιοχή Μπαλέ, λίγο πριν την είσοδο στο χωριό του Αγίου Βασιλείου στο νότιο Ρέθυμνο, συναντάμε το βυζαντινό εκκλησάκι της Ζωοδόχου Πηγής. Το εκκλησάκι που γιορτάζει κάθε χρόνο την πρώτη Παρασκευή μετά το Πάσχα βρίσκεται ακριβώς πάνω στο δρόμο σε υπερυψωμένο σημείο που το κάνει εύκολα ορατό από όλες τις πλευρές.
Στο σημείο που βρισκόταν οι κατασκηνώσεις της Εκκλησίας στο Μέρωνα, μέσα σε ένα μοναδικό τοπίο με πανύψηλες βελανιδιές, υπάρχει η μικρή μονόχωρη εκκλησία του Αγίου Νικολάου και μια μικρή πηγή. Το ιερό του ναού φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες του 13ου αιώνα με το χαρακτηριστικό αυστηρό ύφος της εποχής.
Στο μέσο του χωριού Απομαρμάς βρίσκεται ο Βυζαντινός ναός της Παναγίας της Γαλακτούσας που χρονολογείται στον 13ο αιώνα. Σύμφωνα με την παράδοση ο κτήτοράς της είχε τάμα να χρησιμοποιήσει γάλα αντί για νερό στο κονίαμα. Στην πραγματικότητα όμως το όνομα μάλλον συνδέεται με την εικόνα της Παναγίας που θηλάζει το Χριστό.