Στο Ηράκλειο υπάρχουν πολλά φαράγγια, με τα περισσότερα από αυτά να διασχίζουν τους όγκους του Ψηλορείτη και των Αστερουσίων Ορέων. Τα Αστερούσια διαθέτουν υπέροχα πεζοπορικά φαράγγια, με πιο σημαντικά του Αγιοφάραγγου, του Μάρτσαλου και του Τράφουλα. Ωστόσο, το διασημότερο φαράγγι είναι του Γάφαρη στον Ψηλορείτη, που διασχίζει το μαγευτικό δάσος του Ρούβα. Άλλα φαράγγια του Ψηλορείτη είναι του Κρουσώνα, μέσα από το οποίο διερχόταν το Μινωικό μονοπάτι για το Ιδαίον Άντρον, του Βρωμονερού, το Βοριζανό και τα δύο μικρά φαράγγια των Ασιτών. Κοντά στην πόλη, υπάρχουν τα καταπράσινα φαράγγια του Καρτερού, το Κουναβιανό, το Αρχανιώτικο, του Αλμυρού και του Βενεράτου. Στις δυτικές υπερώιες των Λασιθιώτικων βουνών υπάρχουν επίσης τα φαράγγια της Ρόζας, της Αμπέλου, της Αποτύπωσης και κοντά στη Χερσόνησο το φαράγγι του Αποσελέμη.

Εκτός από τα περιπατητικά αυτά φαράγγια, κυρίως η περιοχή των Αστερουσίων Ορέων στο νότιο Ηράκλειο φιλοξενεί πολλά τεχνικά φαράγγια, που έχουν ασφαλιστεί και χρησιμοποιούνται συχνά για την εκπαίδευση νέων canyoners. 

Χάρτης