Το Μουσείο είναι αφιερωμένο στα χαρακτηριστικά του Φυσικού Περιβάλλοντος του Πάρκου. Μέσα από μικρές αναπαραστάσεις οικοτόπων (διοράματα), προθήκες, ταριχευμένα ζώα, πετρώματα, απολιθώματα και πόστερς, παρουσιάζονται τα ιδιαίτερα στοιχεία της χλωρίδας, πανίδας και γεωλογίας της περιοχής.
Στο Καστέλλι Πεδιάδος βλέπουμε ίχνη οικισμού που ήκμασε τα Μινωικά χρόνια. Στον αρχαιολογικό χώρο βρέθηκαν ίχνη από τη Νεολιθική Περίοδο. Ο Νεοανακτορικός οικισμός του Καστελλίου είχε αναπτυχθεί γύρω από ένα κεντρικό διώροφο κτίριο μνημειακών διαστάσεων και επιμελημένης κατασκευής.
Ένα μικρό μυλοτόπι βρίσκεται νότια από το χωριό Χαρασό. Εκεί στέκουν ακόμα και σήμερα τρεις ανεμόμυλοι στη σειρά. Σε αυτό συναντάμε τον πιο σπάνιο τύπο ανεμόμυλου που υπήρχε στην Κρήτη. Τον εντελώς κυκλικό που γυρίζει με όλους τους ανέμους και ονομάζεται Ξετροχάρης.
Το πλούσιο χωριό Βενεράτο Τεμένους, που απέχει 20km από το Ηράκλειο, ήταν κατά τον 16ο αιώνα θέρετρο των Ενετών αρχόντων. Τόσο ευχάριστη ήταν η διαμονή τους εδώ, ώστε το παρομοίαζαν με την Βενετία («παρά κρεμμυδόφυλλο Βενετία»).
Η μινωική έπαυλη της Άνω Ζάκρου εντοπίστηκε το 1965 από τον Ν. Πλάτωνα και τον Ι. Σακελλαράκη. Ήταν αγροτική έπαυλη με πλήρεις εγκαταστάσεις για παραγωγή οίνου, πολύ παρόμοιες με τις σημερινές, και μεγάλους πίθους για το κρασί. Το πιεστήριο εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Σητείας.
Οι Τούρκοι, για να ελέγχουν τα παράλια των Σφακίων, έκτισαν ένα δίκτυο από πύργους (κουλέδες) που είχαν οπτική επαφή μεταξύ τους. Ένας από αυτούς βρίσκεται ανατολικά του χωριού του Αγίου Ιωάννη σε σημείο που έχει μοναδική θέα από τη Μεσαρά ως και την Παλαιόχωρα.
Ο πύργος του Μαγουλά στο Οροπέδιο Λασιθίου ήταν το θερινό κονάκι-πύργος του Χάνιαλη, ο οποίος διέμενε εκεί τα καλοκαίρια. Ο Χάνιαλης ήταν ένας τρομερός γενίτσαρος, που καταδυνάστευε μια τεράστια σε έκταση περιοχή. Ο Χανιαλής Χασάν Αγάς ήταν κληρονόμος του Ζαδέ Αχμέτ Αγά, του εξισλαμισμένου χριστιανόπουλου από τα Χανιά (Χανιαλή), που ήταν ο μεγαλύτερος και πλουσιότερος μελικιαναγάς (τιμαριούχος) της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας.