Ο ναός των Αγίων Αποστόλων Πέτρου και Παύλου βρίσκεται στην τοποθεσία Κάτω Καρκάσα στην περιφέρεια του χωριού Ανατολή Ιεράπετρας. Ο ναός αποτέλεσε το καθολικό της ερειπωμένης σήμερα Μονής Καρκασίων, από την οποία σώζονται ελάχιστα ίχνη κτιρίων νότια του ναού. Η μονή Καρκασίων είχε στην επικράτειά της και το ναό του Σωτήρος στα Κάτω Καρκάσα.
Ο Ναός του Αγίου Νικολάου στα Πλατάνια της επαρχίας Αμαρίου βρίσκεται δυτικά του χωριού, κάτω από το δρόμο που οδηγεί στη Βισταγή. Είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που φέρει στο εσωτερικό του τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε μέτρια κατάσταση.
Έξω από τον περίβολο της μονής Παλιανής στο Βενεράτο βρίσκεται ο κοιμητηριακός ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου. Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός τοιχογραφήθηκε στα μέσα του 14ου αιώνα από το ζωγράφο Γεώργιο, ο οποίος σύμφωνα με την κτητορική επιγραφή πάνω από την πρόθεση ζητά από τον ιερέα να τον μνημονεύει κατά τη διάρκεια των ακολουθιών.
Στην αγροτική τοποθεσία Μουρτζές νοτιοανατολικά από τον Φουρφουρά Αμαρίου βρίσκεται ο Βυζαντινός ναός του Αγίου Γεωργίου που χρονολογείται στις αρχές του 15ου αιώνα. Ο μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός έχει κτιστεί στη θέση αρχαιότερου.
Ο ναός της Παναγίας στην Κασταμονίτσα της επαρχίας Πεδιάδος βρίσκεται εντός του κοιμητηρίου του χωριού και είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου (εορτ. 15 Αυγούστου). Στο εσωτερικό του ναού σώζονται σε κακή κατάσταση τοιχογραφίες του 14ου αιώνα.
Ο ναός του Προφήτη Ηλία στη γειτονιά Τραχινιάκος της Κανδάνου βρίσκεται στο μικρό κοιμητήριο του οικισμού. Όπως στις περισσότερες Βυζαντινές εκκλησίες της επαρχίας Σελίνου, η εξωτερική λιτή εμφάνιση δεν προϊεδεάζει για την πλούσια εσωτερική εικονογράφηση με αγιογραφίες, οι οποίες χρονολογούνται στον 14ο αιώνα.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου του Ξιφηφόρου βρίσκεται σε κατάφυτη τοποθεσία βορειοδυτικά του χωριού Αποδούλου Αμαρίου. Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με τρία τυφλά αψιδώματα σε κάθε μακρά πλευρά, συμμετρικά τοποθετημένα ως προς τον κεντρικό εγκάρσιο άξονα.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στο χωριό Κούνενι (σημερινή Βάθη) και ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου. Εσωτερικά ο ναός φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο του 1284 από λαϊκό ζωγράφο που ακολουθεί την παράδοση του 12ου αιώνα.