Η Παλιά Πόλη του Ρεθύμνου διατηρεί ένα ιδιαίτερα πλούσιο σύνολο χριστιανικών και μουσουλμανικών μνημείων, τα οποία αποτυπώνουν τη βυζαντινή, την ενετική και την οθωμανική ιστορία της.

Οι πηγές καταγράφουν κατά την Ενετοκρατία από 23 έως 46 εκκλησίες και μονές, ορθόδοξες και λατινικές. Ελάχιστες διατηρούνται σήμερα στην αρχική τους μορφή, καθώς αρκετές άλλαξαν χρήση, καταστράφηκαν ή ενσωματώθηκαν σε νεότερα κτίρια. Μετά την οθωμανική κατάκτηση, ορισμένοι χριστιανικοί ναοί μετατράπηκαν σε τεμένη, ενώ ιδρύθηκαν και νέα τζαμιά, διαμορφώνοντας το πολυπολιτισμικό θρησκευτικό τοπίο της πόλης.

Ανάμεσα στα παλαιότερα σωζόμενα κατάλοιπα συγκαταλέγεται ο ναός της Αγίας Παρασκευής, ο οποίος έχει αποκατασταθεί και ενσωματωθεί στις εγκαταστάσεις του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας. Σημαντικό μνημείο είναι επίσης η Αγία Σοφία, γνωστή κατά την Οθωμανική Περίοδο ως Τζαμί Αχμέτ Πασά, η οποία χρησιμοποιείται ως χώρος πολιτιστικών εκδηλώσεων.