Die Altstadt von Rethymno bewahrt eine besonders reiche Vielfalt christlicher und muslimischer Denkmäler, die von ihrer byzantinischen, venezianischen und osmanischen Geschichte zeugen.

Historische Quellen verzeichnen während der venezianischen Herrschaft zwischen 23 und 46 Kirchen und Klöster, die sowohl der orthodoxen als auch der römisch-katholischen Tradition angehörten. Nur wenige davon sind heute in ihrer ursprünglichen Form erhalten, da zahlreiche Gotteshäuser umgenutzt, zerstört oder in jüngere Gebäude integriert wurden. Nach der osmanischen Eroberung wurden einige christliche Kirchen in Moscheen umgewandelt, während zugleich neue Moscheen entstanden.

Zu den ältesten erhaltenen Überresten gehört die Kirche Agia Paraskevi, die restauriert und in die Räumlichkeiten des Instituts für Mittelmeerstudien der Stiftung für Forschung und Technologie Hellas integriert wurde. Ein weiteres bedeutendes Denkmal ist die Agia Sophia, die während der osmanischen Zeit als Ahmed-Pascha-Moschee bekannt war und heute als Veranstaltungsort für kulturelle Aktivitäten genutzt wird.