Κατά την Ενετοκρατία, μέσα στο Μεγάλο Κάστρο υπήρχαν πολυάριθμα πηγάδια και δεξαμενές, όμως η έλλειψη άφθονου και καθαρού τρεχούμενου νερού αποτελούσε ένα από τα σοβαρότερα προβλήματα της πόλης. Στα μέσα του 16ου αιώνα κατασκευάστηκε η Κρήνη Μπέμπο, μέσω της οποίας μεταφέρθηκε πηγαίο νερό στον Χάνδακα. Αργότερα, ο Ενετός γενικός προβλεπτής Φραντσέσκο Μοροζίνι αντιμετώπισε αποτελεσματικότερα το πρόβλημα με την κατασκευή ενός μεγάλου υδραγωγείου, μήκους περίπου 15 χιλιομέτρων, το οποίο μετέφερε νερό από τις πηγές της περιοχής των Αρχανών και του Γιούχτα στην καρδιά της πόλης. Το έργο κατέληγε στην περίφημη Κρήνη Μοροζίνι, στα σημερινά Λιοντάρια, η οποία εγκαινιάστηκε το 1628.

Μετά την κατάκτηση του Χάνδακα από τους Οθωμανούς κατασκευάστηκαν πολλές νέες κρήνες για την ύδρευση των κατοίκων και την εξυπηρέτηση των περαστικών. Ανάμεσά τους υπήρχαν τα σεμπίλια, φιλανθρωπικές δημόσιες κρήνες που πρόσφεραν δωρεάν νερό και συνδέονταν με την ισλαμική παράδοση της αγαθοεργίας. Πολλές από τις ενετικές και οθωμανικές κρήνες καταστράφηκαν ή αλλοιώθηκαν κατά τις μεταγενέστερες επεμβάσεις στην πόλη, όμως όσες διατηρούνται αποτελούν σημαντικά μνημεία της ιστορίας και της αρχιτεκτονικής του Ηρακλείου.