Η αρχαιότερη πιθανή ένδειξη παρουσίας ανθρωποειδών στην Κρήτη προέρχεται από τον Τράχηλο Κισάμου, όπου έχουν εντοπιστεί απολιθωμένα ίχνη δίποδης βάδισης με χαρακτηριστικά που θυμίζουν ανθρώπινο πέλμα. Σύμφωνα με μελέτη του 2021, τα ίχνη έχουν ηλικία περίπου 6,05 εκατομμυρίων ετών, αν και τόσο η χρονολόγηση όσο και η απόδοσή τους σε πρώιμο ανθρωποειδές παραμένουν αντικείμενο επιστημονικής συζήτησης. Άλλη μελέτη έχει προτείνει ότι τα πετρώματα στα οποία διατηρήθηκαν είναι νεότερα και χρονολογούνται περίπου στα 3 εκατομμύρια χρόνια.

Οι αρχαιότερες σαφείς αρχαιολογικές ενδείξεις ανθρώπινης παρουσίας στο νησί είναι πολύ νεότερες. Δεκάδες λίθινα εργαλεία, ξέστρες και χειροπελέκεις που έχουν εντοπιστεί στην περιοχή του Πλακιά χρονολογούνται τουλάχιστον πριν από 130.000 χρόνια και ενδέχεται να είναι ακόμη παλαιότερα, ίσως έως και 700.000 ετών. Δεν είναι δυνατόν να αποδοθούν με βεβαιότητα σε συγκεκριμένο ανθρώπινο είδος, όπως στον Homo erectus, αποδεικνύουν όμως την παρουσία αρχαϊκών ανθρωποειδών στην Κρήτη. Καθώς το νησί ήταν ήδη αποκομμένο από την ηπειρωτική στεριά, τα ευρήματα υποδηλώνουν ότι οι πρώτοι αυτοί επισκέπτες μπορούσαν να διασχίζουν ανοικτά θαλάσσια περάσματα. Παλαιολιθικά ευρήματα έχουν αναφερθεί και στην περιοχή της Σαμαριάς.

Πριν από την ανακάλυψη αυτών των εργαλείων, οι ειδικοί τοποθετούσαν την πρώτη άφιξη του ανθρώπου στην Κρήτη κατά τη Νεολιθική εποχή. Σημαντικό προϊστορικό εύρημα αποτελεί το σπήλαιο στα Σκορδαλάκια του Ασφένδου, όπου έχουν εντοπιστεί βραχογραφίες με παραστάσεις ζώων και κυνηγιού, οι οποίες έχουν αποδοθεί περίπου στο 8000 π.Χ. Άλλα ευρήματα και βάσεις κατοικιών έχουν εντοπιστεί στην περιοχή του Κατσαμπά Ηρακλείου, ενώ πολλά ίχνη προϊστορικής κατοίκησης έχουν βρεθεί σε σπήλαια.

Ως χώροι ταφής χρησιμοποιούνταν κοιλότητες κοντά στις εισόδους των σπηλαίων, ενώ στο εσωτερικό τους διαμορφώνονταν χώροι κατοίκησης και αποθήκευσης υλικών. Χαρακτηριστικό είναι το παράδειγμα της σπηλιάς του Γερανίου, όπου βρέθηκε λάκκος γεμάτος με οστά ζώων και, δίπλα του, πολλά μικρά και μεγάλα εργαλεία κατασκευασμένα από οστό.