Ο ναός της Παναγίας στον Κεφαλά Αποκορώνου είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Οι πυλώνες και ο περίβολος χρονολογούνται στα μέσα του 19ου αιώνα και φέρουν ενετικά αρχιτεκτονικά στοιχεία.
Ο ναός της Αγίας Φωτεινής βρίσκεται ανατολικά της Μονής Πρέβελη και πολύ κοντά στο επιβλητικό φαράγγι του Μεγάλου Ποταμού και στη παραλία του Πρέβελη. Είναι μικρός μονόχωρος καραμοσκέπαστος με λιτή εξωτερική εμφάνιση, με μοναδικό διακοσμητικό στοιχείο ένα σταυρό από τέσσερα πινάκια πάνω από το υπέρθυρο της εισόδου.
Λίγο έξω από το χωριό Λακώνια κοντά στον Άγιο Νικόλαο συναντάμε το μικρό μονόχωρο καμαροσκέπαστο ναό που είναι αφιερωμένος στον Αρχάγγελο Μιχαήλ. Ο ναός στο εσωτερικό φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες της διετίας 1431 και 1432.
Πολύ κοντά στον οικισμό του Ξιδά, που σήμερα ονομάζεται Λύττος προς χάριν της κοντινής αρχαίας Λύττου, βρίσκεται ο ναός του Αγίου Γεωργίου στη θέση Τζενεράληδων (υπάρχει κι ο ναός του Αγίου Γεωργίου μέσα στον αρχαιολογικό χώρο της Λύττου).
Στη Μαθιά Πεδιάδος βρίσκεται ο μικρός ναός του Αγίου Γεωργίου κρυμμένος ανάμεσα σε ελαιώνες και σε σημείο που χρειάζεται περπάτημα σε σύντομο μονοπάτι. Ο ναός είναι μικρός, μονόχωρος και καμαροσκέπαστος, όπως οι περισσότεροι Βυζαντινοί ναοί της περιοχής.
Δίπλα στο μικρό φράγμα της Κεράς στο χωριό Ίνι συναντάμε το γραφικό ναό της Παναγίας Κεράς που είναι αφιερωμένος στην Ζωοδόχο Πηγή. Ο ναός δε φέρει τοιχογραφίες στο εσωτερικό του. Δίπλα στο ναό υπάρχει ένα μικρό διαμορφωμένο σπηλαίωμα με πηγή με νερό που θεωρείται αγιασμένο.
Ο μικρός ναός του Αγίου Νικολάου βρίσκεται ανάμεσα στη Λύττο και την Κασταμονίτσα. Φέρει τοιχογραφίες επαρχιώτη ζωγράφου που χρονολογούνται από τον 14ο αιώνα με σκηνές από το χριστολογικό κύκλο. Ξεχωρίζουν η Βρεφοκτονία στο νότιο τοίχο, η θυσία του Αβραάμ και ο Άγιος Ζωσιμάς.
Η επαρχία Αμαρίου έχει έναν πραγματικά πολύ μεγάλο αριθμό εκκλησιών που είναι αφιερωμένες στον Άγιο Νικόλαο, καθώς σχεδόν κάθε χωριό έχει και μια. Μέσα στον οικιστικό ιστό του χωριού Νευς Αμάρι βρίσκεται ακόμη ένας μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός του Αγίου Νικολάου.