Κάτω από το σωζόμενο ναό του Αγίου Παντελεήμονα στη Σούγια Σελίνου σώζονται λείψανα τρίκλιτης ξυλόστεγης βασιλικής με νάρθηκα μήκους 20,80μ και πλάτους 12.40μ, η οποία έχει ανασκαφεί από τον ακαδημαϊκό Α. Ορλάνδο.
Στο κέντρο του χωριού Αξός Μυλοποτάμου και ακριβώς πάνω από την κρήνη που ξεδιψάει τον επισκέπτη με το γάργαρο νερό της, βρίσκεται ο δίκλιτος ερειπωμένος ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Ο ναός έχει κτιστεί πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, της οποίας διακρίνονται ακόμη τα ίχνη της μεγάλης ημικυλινδρικής αψίδας του ιερού βήματος.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου βρίσκεται στα όρια του οικισμού Κισσός της επαρχίας Αγίου Βασιλείου και εορτάζει στις 26 Σεπτεμβρίου. Είναι μικρός καμαροσκέπαστος του 13ου αιώνα, με σχετικά μεγάλο ύψος σε σχέση με τις άλλες του διαστάσεις, θεμελιωμένος σε φυσικό βράχο.
Λίγο ανατολικά από τον αρχαιολογικό χώρο του Ασκληπιείου και πάνω στο δρόμο θα δείτε τη μικρή Βυζαντινή Εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, που κτίστηκε από υλικά παλαιοχριστιανικής Βασιλικής, η ύπαρξη της οποίας πιστοποιεί ότι η πόλη ήκμασε ως και τα Βυζαντινά χρόνια.
Το έρημο χωριό Καναβάς Κισάμου βρίσκεται στην ανατολική πλαγιά του υψώματος Προφήτης Ηλίας και είναι προσβάσιμο μέσω χωματόδρομου που ξεκινάει από τα Ζαχαριανά. Σχεδόν πάνω στην κοίτη του ποταμού που περνάει κάτω από τον οικισμό είναι κτισμένος ο ναός του Αγίου Γεωργίου, που φέρει τοιχογραφίες, σε μια μοναδική τοποθεσία με θεόρατα πλατάνια.
Στην καταπράσινη λαγκαδιά που ήταν κτισμένος ο «εξαφανισμένος» σήμερα οικισμός της Παλιάμας διασώζεται ο εντυπωσιακός δίκλιτος ναός του Αγίου Χαραλάμπους και της Παναγιάς. Ο ναός στο εσωτερικό φέρει αποσπασματικά ίχνη τοιχογραφιών.
Λίγα μέτρα νοτιοδυτικά από το χωριό Κασσάνοι της επαρχίας Πεδιάδος και κοντά στην κρήνη του χωριού βρίσκεται ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός του Σωτήρος Χριστού που είναι αφιερωμένος στη Γέννηση του Ιησού. Έχει κτιστεί στη θέση παλαιότερου ναού, όπως διαφαίνεται από τη βαθμιδωτή διαμόρφωση της αψίδας του ιερού.
Ο ναός των Εισοδίων της Θεοτόκου ή Κάτω Παναγιά βρίσκεται κοντά στο νότιο τμήμα του κάστρου Belvedere και είναι μικρός μονόχωρος ναός με δύο φάσεις. Στην παλαιότερη, πιθανόν του πρώτου μισού του 14ου αιώνα, ανήκει το ανατολικό τμήμα του, το οποίο διασώζει ελάχιστα ίχνη τοιχογραφιών αυτής της περιόδου.