Βρίσκεται μέσα στον ιστό του χωριού και λίγα μέτρα δυτικά του λόφου της Αρχαίας Αξού. Ο ναός ανήκει στον τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου με τρούλο, στον οποίο έχει προστεθεί στα δυτικά νάρθηκας. Χρονολογείται στον 14ο και στο εσωτερικό διατηρούνται ελάχιστα ίχνη από τον τοιχογραφικό διάκοσμο.
Ο ναός της Ζωοδόχου Πηγής βρίσκεται λίγα μέτρα νότια της λίμνης των Δαμανίων και δίπλα στο κοιμητήριο του χωριού. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 1399 και στην σημερινή του μορφή επανήλθε μετά από αναστήλωση που ξεκίνησε το 1979, καθώς μέχρι τότε ήταν ερειπωμένος.
Ο μεγαλοπρεπής τρίκλιτος Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στα Μέσα Μουλιανά βρίσκεται στο άκρο του χωριού και αποτελεί το αποτέλεσμα διαδοχικών παρεμβάσεων στον αρχικό μεσοβυζαντινό μονόκλιτο ναό με τρούλο.
Ο μονόχωρος ναός του Αγίου Γεωργίου του Καβουσιώτη βρίσκεται νότια του οικισμού της Κριτσάς. Εξωτερικά φέρει αρκοσόλιο, δηλαδή αψιδωτό ταφικό μνημείο της Ενετοκρατίας. Εσωτερικά σώζεται αποσπασματικά τοιχογραφικός διάκοσμος που χρονολογείται στις αρχές του 14ου αιώνα.
Ο ναός της Παναγίας στη Σκλαβοπούλα Σελίνου ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου και είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Στο εσωτερικό του φέρει τοιχογραφίες που χρονολογούνται στο πρώτο μισό του 14ου αιώνα και αποδίδονται σε πολύ ικανό αγιογράφο που εισάγει στην Κρήτη τις εξελίξεις της Παλαιολόγειας τεχνοτροπίας.
Ο τρίκλιτος ναός της Παναγίας βρίσκεται στο κέντρο του χωριού Επάνω Επισκοπή Σητείας και είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Θεοτόκου, στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο και τον Άγιο Γεώργιο. Ο ναός υπήρξε έδρα της Επισκοπής Σητείας κατά τη Βυζαντινή Περίοδο και του Λατίνου Επισκόπου κατά την Ενετοκρατία.
Βόρεια του οικισμού της Σούγιας σώζεται ο ναός της Αγίας Ειρήνης στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου με τρούλο, στον οποίο προστέθηκε σε δεύτερη φάση καμαροσκέπαστος νάρθηκας που σώζεται σε μια όψιμη ανακατασκευή του θόλου του. Ο αρχικός ναός χρονολογείται στον 13ο αιώνα και τα αρχιτεκτονικά του χαρακτηριστικά συνδέονται με την παράδοση της Ελλαδικής Σχολής
Ο ναός των Αγίων Παντελεήμονα και Δημητρίου βρίσκεται στον οικισμό Γαρίπας, κοντά στα Περιβόλια Κυδωνίας. Είναι δίκλιτος ναός που ανάγεται στην περίοδο της Ενετοκρατίας και έχει αναστηλωθεί. Το βόρειο κλίτος είναι αφιερωμένο στον Άγιο Παντελεήμονα και το νότιο στον Άγιο Δημήτριο. Εξωτερικά, το νότιο κλίτος φέρει 3 τυφλά αψιδώματα.