Το σχεδόν έρημο σήμερα χωριουδάκι της Παναγίας της επαρχίας Καινουργίου πήρε το όνομά του από το τρίκλιτο Βυζαντινό ναό της Παναγίας, που είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Πιστεύεται ότι ο ναός αρχικά, κατά τον 15ο αιώνα, υπήρξε το κέντρο ενός θρησκευτικού συγκροτήματος, το οποίο στο πέρασμα του χρόνου μετεξελίχθηκε στον οικισμό της Παναγιάς.
Ο μεγάλος ναός της Παναγίας στο Σκλαβεροχώρι είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου (εορτάζει 21 Νοεμβρίου). Ο ναός χρονολογείται στον 14ο αιώνα (υπάρχει χάραγμα που αναφέρει την χρονολογία 1481).
Ο δίκλιτος ναός του Αφέντη Χριστού στην Κριτσά έδινε κατά την Ενετοκρατία το όνομα Χριστός στη γειτονιά αυτή, που τότε θεωρούνταν ξεχωριστός οικισμός, και αποτελούσε το νεκροταφείο του. Εδώ ήταν παπάς ο πατέρας της θρυλικής Κριτσωτοπούλας που πολέμησε εναντίον των Τούρκων ντυμμένη ως άνδρας στο πλευρό του Καπετάν Καζάνη και πιστεύεται ότι εδώ τάφηκε κι αυτή.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται κοντά στην Παναγία τη Θυμιανή, στην περιφέρεια του χωριού Κομιτάδες Σφακίων. Αυτό που κάνει τον ναό ένα σπουδαίο Βυζαντινό μνημείο είναι οι υψηλής ποιότητας τοιχογραφίες που σώζονται στο εσωτερικό του από τον γνωστό αγιογράφο της Δυτικής Κρήτης, τον Ιωάννη Παγωμένο
Νότια του χωριού Μάλλες της επαρχίας Ιεράπετρας βρίσκεται το ερειπωμένο σήμερα χωριό της Λούτρας, όπου δεσπόζει ακόμη ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου δίπλα σε ένα όμορφο κυπαρίσι. Λόγω του μεγέθους του, πιστεύεται ότι υπήρξε έδρα Επισκοπής Ιεράς, όπως η κοντινή Παναγία Αρμού. Ο ναός είναι κτισμένος στη θέση παλαιότερης τρίκλιτης βασιλικής.
Η Παλαιοχριστιανική Βασιλική του Ινίου βρίσκεται ανάμεσα σε ελαιώνες στην τοποθεσία Ελληνικά, νοτιοανατολικά του λόφου της Κεφάλας. Πρόκειται για τρίκλιτη βασιλική που χρονολογείται στον 6ο αιώνα και λόγω του μεγάλου μεγέθους της (32μ x 18μ) πιστεύεται ότι υπήρξε η έδρα της Επισκοπής της πόλης Αρκαδία που τοποθετείται κοντά στο χωριό Αφρατί./p>
Ο ναός της Αγίας Ειρήνης στην κοιλάδα της Αύγου στην περιφέρεια του Καβουσίου Ιεράπετρας χρονολογείται στον 14ο αιώνα και φέρει τοιχογραφίες του 1410-1411. Ο ναός πιστεύεται ότι υπήρξε καθολικό μικρής γυναικείας μονής, αλλά δε σώζονται άλλα κτίσματα.
Ο ναός της Αγίας Παρασκευής βρίσκεται νοτιοανατολικά του χωριού Αργουλές Σφακίων, πάνω από το μικρό ρέμα που τερματίζει στην όμορφη παραλία της Αγίας Μαρίνας. Είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που έχει υποστεί πρόχειρη και κακόγουστη αναστήλωση με τσιμέντο, καθώς είχε καταρρεύσει ο νότιος τοίχος και κινδύνευαν οι αγιογραφίες του