Η Μονή Ασωμάτων βρίσκεται 35km νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, στο μέσο μιας κατάφυτης κοιλάδας του Αμαρίου που σχηματίζεται ανάμεσα στο Όρος Κέδρος και στον Ψηλορείτη. Ο ναός της μονής είναι αφιερωμένος στους Ταξιάρχες (=Ασώματοι).

Ο Ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου βρίσκεται στο χωριό του Μέρωνα και η παλαιότερη αναφορά του ονόματος εντοπίζεται σε νοταριακό έγγραφο του 1301. Ο οικισμός ονομάστηκε Μέρωνας, από το ρήμα μερώνω – ημερώνω – ημερεύω, καθώς σύμφωνα με τη παράδοση, στον τόπο αυτό «μέρωσε» η Παναγία και κτίστηκε ως πρώτο κτίσμα του χωριού, ο ναός προς τιμήν της.

Πάνω από το χωριό Άνω Μέρος, στο Όρος Κέντρος, βρίσκεται η παλιά Μονή της Καλόειδενας, που δε λειτουργεί πλεόν, με τον αναστηλωμένο βυζαντινό ναό αφιερωμένο στον Αφέντη Χριστό. Σήμερα, εκτός από την εκκλησία, δε σώζονται πολλά από το μοναστήρι,.

Ο ναός της Παναγίας στο χωριό Θρόνος Αμαρίου είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που κατασκευάστηκε γύρω στο 1300. Κτίστηκε πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής Βασιλικής (πιθανώς της Επισκοπής Σιβρύτου) του 4ου αιώνα από την οποία σώζονται τα μωσαϊκά δάπεδα. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14-15ου αιώνα, ενώ υπάρχει επιγραφή του 1491.

Χτισμένο σε περίοπτη θέση με μοναδική θέα στον Ψηλορείτη το Βένι (ανηφόρα στο κρητικό ιδίωμα) χρησιμοποιήθηκε από τη Μινωική εποχή σα λατρευτικό σπήλαιο και παντού συναντά κανείς ακόμα και σήμερα όστρακα.

Κοντά στο φράγμα Ποταμών Αμαρίου και νότια από τα Χάρκια, σε μια τοποθεσία κατάφυτη από πλατάνια και άλλα δέντρα υπάρχει το έρημο σήμερα ξωμονάστερο της Παναγίας της Ελεούσας, αφιερωμένο στη Ζωοδόχο Πηγή. Στο σημείο το ναού μας οδηγεί πινακίδα από τον κεντρικό δρόμο που περιβάλει το φράγμα. Στη μονή υπάρχει ένα κτίσμα και το μικρό εκκλησάκι που ανάγεται στην Ενετοκρατία και φέρει ίχνη από τοιχογραφίες.

Το χωριό Απόστολοι στην Επαρχία Αμαρίου φιλοξενεί πολλές εκκλησίες, από τις οποίες σπουδαιότερη είναι ο ναός του Αγίου Νικολάου στο κοιμητήριο του χωριού. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος, χρονολογείται στον 14ο αιώνα και φέρει τοιχογραφίες σε κακή κατάσταση. Είναι χαρακτηριστικό ότι σχεδόν πάρα πολλά χωριά του Αμαρίου έχουν μια πολύ παλιά εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Νικόλαο.

Ο πανέμορφος ναός της Παναγίας Κεράς στο Αμάρι είναι κρυμμένος ανάμεσα σε ελαιώνες της περιοχής. Ο τρίκλιτος ναός του 15ου αιώνα είναι κτισμένος στη θέση κατεστραμμένου σταυροειδούς ναού με τρούλο του 13ου αιώνα, που με τη σειρά του πιστεύεται ότι ήταν κτισμένος στη θέση ναού του Απόλλωνα.