Die archäologische Bedeutung der Insel wird durch Museen und archäologische Sammlungen hervorgehoben. Das Archäologische Museum von Heraklion beherbergt die wichtigsten Erkenntnisse der minoischen Zivilisation. Die Schätze aus der Neolithik bis zur Römerzeit können auch im archäologischen Museum von Chania, Rethymnon, Sitia, Kissamos und Arhanes eingesehen werden. In den folgenden Jahren werden die neuen Museen von Messara und der alten Eleftherna erwartet, während das Museum von Agios Nikolaos erwartet wird. Wichtige lokale archäologische Sammlungen betreiben in Ierapetra, Myrtos und Gazi.

Das Historische Museum von Kreta vermittelt ein umfassendes Bild der Geschichte und Kunst Kretas von der frühchristlichen Zeit bis zum 20. Jahrhundert. Seine Sonderausstellungen beschäftigen sich mit Themen der byzantinischen und modernen Kunst, bedeutenden Persönlichkeiten der griechischen Literatur sowie wichtigen historischen Ereignissen. Wer sich eingehender mit der kretischen Geschichte beschäftigen möchte, kann das Historische Archiv von Kreta in Chania besuchen, das rund 170 Archivsammlungen und etwa 700.000 historische Dokumente und Handschriften beherbergt. In Chania befindet sich außerdem das Schifffahrtsmuseum von Kreta, das zweitälteste Museum seiner Art in Griechenland, dessen Ziel die Bewahrung und Präsentation der bedeutenden maritimen Tradition Kretas ist. Besonders sehenswert sind auch die byzantinischen Sammlungen von Heraklion und Chania sowie das Byzantinische Museum von Rethymnon, die hauptsächlich der byzantinischen und kirchlichen Kunst gewidmet sind. Von besonderer Bedeutung sind auch die Sammlungen militärischer Gegenstände und historischer Archive, die an den Widerstand und die Kämpfe der Kreter gegen die verschiedenen Besatzer der Insel erinnern. Zu den bedeutendsten gehören das Militärmuseum von Rethymnon in Chromonastiri, das Historische Museum von Vorizia, das Museum des Nationalen Widerstandes in Therisso, das Badouvas-Museum des Nationalen Widerstandes in Heraklion, die Kriegssammlung von Keramia, das Anagnostis-Skalidis-Museum in Pervolia, das Kriegsmuseum von Askyfou und das Kriegs- und Ethnologische Museum von Argirakis in Episkopi. Ebenso wichtig ist die Erhaltung historischer Orte als Erinnerungsstätten. Dazu gehören die deutschen Tunnel von Platanias und die Makasi-Galerie in den Stadtmauern von Heraklion, die während der deutschen Besatzung als Haftstätte für Geiseln und Gefangene diente.

Besucher der Insel können das ganze Jahr über bedeutende Kunstausstellungen und Sammlungen entdecken. Temporäre Ausstellungen mit Malerei, Fotografie und anderen Kunstformen werden regelmäßig in den großen Kunstgalerien von Heraklion, in der Kunstgalerie von Chania, in Agios Nikolaos, Panormos und weiteren Orten veranstaltet. Besonders erwähnenswert sind die südlichste Kunstgalerie Europas in Keratokambos sowie das in Griechenland einzigartige Museum für Druckgrafik, das Xotaris Art Forum in Archanes. Zu den Museen und Kunststätten mit bedeutenden Dauersammlungen gehören das Museum für Bildende Kunst in Heraklion, die Kunstfabrik „Eleourgion“ in Dromonero und das Museum für zeitgenössische Kunst von Kreta in Rethymnon. Bedeutende Sammlungen von Holz- und Steinskulpturen sind in Axos, Asteri, Venerato und Tylissos zu sehen. In Zoniana befindet sich außerdem das Wachsmuseum Potamianos. Museen und Sammlungen auf der ganzen Insel präsentieren das Leben und Werk bedeutender kretischer Schriftsteller und Künstler. Ein außergewöhnliches Museum, das dem großen griechischen Schriftsteller und Denker Nikos Kazantzakis gewidmet ist, befindet sich in seinem Heimatort Myrtia. In Fodele kann außerdem das Haus besucht werden, in dem vermutlich Domínikos Theotokópoulos, besser bekannt als El Greco, geboren wurde. Im Bethlehem-Tor der venezianischen Stadtmauern von Heraklion werden Gegenstände und rekonstruierte Werke ausgestellt, die für den Film von Yannis Smaragdis über das Leben des großen kretischen Malers verwendet wurden. In Viannos befindet sich ein Museum, das dem Schriftsteller Ioannis Kondylakis gewidmet ist, während man in Anogia das Haus des bedeutenden kretischen Sängers Nikos Xylouris besuchen kann.

Besucher Kretas können heute durch eine große Zahl von Museen und Sammlungen die Sitten und Bräuche der Insel kennenlernen. Diese Einrichtungen widmen sich der Bewahrung und Präsentation der volkskundlichen und ethnologischen Tradition Kretas. Bedeutende Sammlungen mit Gegenständen aus der traditionellen Landwirtschaft, der Viehzucht sowie den Bräuchen rund um Hochzeit, Taufe und Geburt führen die Besucher in vergangene Zeiten zurück. Hinzu kommen Exponate zur Volksarchitektur, zur traditionellen Kleidung und zur Ausstattung der alten kretischen Häuser. Hervorragende Sammlungen befinden sich im Freilichtmuseum Lychnostatis in Hersonissos, im Folkloremuseum von Chania, im Museum der kretischen Ethnologie in Vori, im Folkloremuseum Arolithos bei Tylissos, im Historischen und Folkloremuseum von Rethymnon, im Folkloremuseum von Agios Nikolaos sowie in den Museen von Sitia, Therisso, Gavalohori, Piskopiano, Somatas, Ini, Asites, Chandras, Palekastro, Vrachasi, Gavdos, Pefki, Chamezi, Mohos, Spili und vielen weiteren Orten. Ebenso bedeutend sind Ausstellungen, die mit dem Olivenbaum und der traditionellen Herstellung von Olivenöl verbunden sind, wie das Olivenmuseum von Vouves. Spezialisierte Sammlungen zur ethnologischen Erforschung Kretas finden sich im Museum der Akriten Europas in Paleochora. Die maritime Tradition und die Geschichte des Fischfangs werden im Schifffahrtsmuseum von Kreta sowie im Fischereimuseum von Kolymvari präsentiert. Weitere bemerkenswerte Spezialmuseen sind das Museum des Schullebens in Nerokouros, die Musikalische Werkstatt Labyrinth in Houdetsi und das Wachsmuseum Potamianos in Zoniana.

Der ökologische und landschaftliche Wert Kretas steht im Mittelpunkt der Arbeit zahlreicher Einrichtungen und Organisationen der Insel. Jedes Jahr organisieren viele Vereine und Umweltorganisationen Aktionen zum Schutz der Natur und zur Information der Öffentlichkeit. Der Schutz von Meeresschildkröten, die Reinigung von Feuchtgebieten, Vogelbeobachtungen, die Freilassung von Greifvögeln sowie die Organisation von Ausstellungen und Seminaren gehören zu den häufigsten Aktivitäten auf der Insel. Ihr Ziel ist es, das Umweltbewusstsein zu stärken und den Menschen die Natur ihrer Heimat näherzubringen. Das Naturhistorische Museum der Universität Kreta führt bedeutende Forschungsprojekte und Aktionen zur Naturgeschichte und Artenvielfalt der Insel durch. Gleichzeitig bietet seine umfangreiche Ausstellung den Besuchern ein besonderes Erlebnis und präsentiert die natürliche Umwelt Kretas und des gesamten Mittelmeerraums. Das Aquarium „Cretaquarium – Thalassokosmos“ des Hellenischen Zentrums für Meeresforschung bietet eine hervorragende Möglichkeit, die Unterwasserwelt des Mittelmeers kennenzulernen. In seinen Becken mit insgesamt rund 1.700.000 Litern Meerwasser leben etwa 200 mediterrane Arten – von großen Haien bis zu winzigen Seepferdchen. Durch zahlreiche Bildungsprogramme kommen Kinder und Erwachsene der faszinierenden Welt des Meeres näher. Es ist das größte Aquarium Griechenlands und eines der bedeutendsten im Mittelmeerraum. Auch zur Information der Öffentlichkeit über die lokalen Ökosysteme wurden wichtige Initiativen entwickelt. Auf der Omalos-Hochebene befindet sich das Informationszentrum des Nationalparks der Weißen Berge. In der Samaria-Schlucht gibt es außerdem zwei Ausstellungen, welche die langjährige Beziehung und Wechselwirkung zwischen dem Menschen und der lokalen Natur veranschaulichen.