Το Ηράκλειο, ως πρωτεύουσα της Κρήτης για πολλούς αιώνες, αποτέλεσε σημαντικό θρησκευτικό κέντρο και φιλοξένησε πολυάριθμους ναούς, ανδρικά μοναστήρια και γυναικείες μονές. Ιδιαίτερα κατά την Ενετοκρατία, στον Χάνδακα ιδρύθηκαν ορθόδοξοι και καθολικοί ναοί, μοναστήρια διαφορετικών μοναχικών ταγμάτων και σημαντικές θρησκευτικές σχολές.

Κατά τη Δεύτερη Βυζαντινή Περίοδο, ο ναός του Αγίου Τίτου αποτέλεσε την έδρα της Ορθόδοξης Αρχιεπισκοπής Κρήτης. Μετά την εγκατάσταση των Ενετών μετατράπηκε σε καθολικό καθεδρικό ναό και έγινε η έδρα του Λατίνου Αρχιεπισκόπου. Ο σημερινός ναός οικοδομήθηκε κατά την Οθωμανική περίοδο ως τέμενος και αποδόθηκε ξανά στη χριστιανική λατρεία μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών.

Σπουδαίο κέντρο εκπαίδευσης και εκκλησιαστικής τέχνης υπήρξε η Αγία Αικατερίνη του Σινά. Κατά την Ενετοκρατία λειτουργούσε εδώ σχολή στην οποία διδάσκονταν θεολογία, φιλοσοφία, αρχαίοι Έλληνες συγγραφείς και ζωγραφική. Σήμερα ο ναός στεγάζει τη Βυζαντινή Συλλογή της Αρχιεπισκοπής Κρήτης, με σημαντικές εικόνες, κειμήλια και έργα της Κρητικής Σχολής Αγιογραφίας.

Από τα σημαντικότερα θρησκευτικά μνημεία της πόλης είναι επίσης η Βασιλική του Αγίου Μάρκου, που ήταν ο καθεδρικός ναός των Ενετών, ο ναός των Αγίων Πέτρου και Παύλου της παλιάς Μονής των Δομηνικανών, ο μικρός ναός του Αγίου Μηνά και της Παντάνασσας και ο νεότερος μητροπολιτικός ναός του Αγίου Μηνά, ενός από τους μεγαλύτερους ναούς της Κρήτης.

Μετά την κατάκτηση του Χάνδακα από τους Οθωμανούς το 1669, πολλοί χριστιανικοί ναοί μετατράπηκαν σε τεμένη, ενώ μοναστηριακά κτίρια απέκτησαν νέες χρήσεις. Ορισμένα μνημεία επέστρεψαν στη χριστιανική λατρεία μετά την αποχώρηση των μουσουλμανικών πληθυσμών, ενώ άλλα χρησιμοποιούνται σήμερα ως μουσεία και πολιτιστικοί χώροι.

Πολλά σημαντικά θρησκευτικά κτίρια δεν διασώθηκαν. Ιδιαίτερα κατά τις πρώτες δεκαετίες του 20ού αιώνα, παλιοί ναοί, μιναρέδες και μοναστηριακά κατάλοιπα κατεδαφίστηκαν στο πλαίσιο της επέκτασης και του εκσυγχρονισμού της πόλης. Όσα μνημεία σώζονται σήμερα αποτελούν πολύτιμες μαρτυρίες της βυζαντινής, ενετικής και οθωμανικής ιστορίας του Ηρακλείου.

Στο Ηράκλειο βρίσκεται σήμερα η έδρα της Αρχιεπισκοπής Κρήτης. Η Εκκλησία της Κρήτης είναι ημιαυτόνομη και υπάγεται κανονικά στο Οικουμενικό Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως.