Η επαρχία Μυλοποτάμου φιλοξένησε πολλά μικρά μοναστήρια. Τα δύσβατα παράλια φιλοξένησαν πολλά ασκητικά κέντρα, τα οποία αναγκάστηκαν να μεταφερθούν στην ενδοχώρα με την έλευση των διαφόρων πειρατών.
Ναός Αγίου Ιωάννη στην Επισκοπή Μυλοποτάμου 
Ο ερειπωμένος καθεδρικός ναός του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται στην Επισκοπή Μυλοποτάμου, είναι εγγεγραμμένη σταυροειδής με τρούλο και κατασκευάστηκε τον 13ο αιώνα πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 5ου αιώνα. Αποτέλεσε τον Καθεδρικό ναό και την έδρα της Επισκοπής Αυλοποτάμου κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο κέντρο των Μαργαριτών και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός. Κάτω από το στρώμα σοβά έχουν αποκαλυφθεί μερικές τοιχογραφίες του 1383. Στην είσοδο του ναού υπάρχει οικόσημο.
Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις Μαργαρίτες βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του οικισμού. Αποτελεί μονόχωρο καμαροσκέπαστο ναό και στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών και εντυπωσιακό πέτρινο τέμπλο. Σε κάθε μια πλευρά του ναού ανοίγονται τρία τυφλά αψιδώματα.
Ο διπλός ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο νεκροταφείο του οικισμού της Αρχαίας Ελεύθερνας. Ο αρχικός του 10ου αιώνα έχει τρούλο κι είναι κτισμένος στα ερείπια παλιότερου του 6ου αιώνα. Στον τρούλο σώζεται τοιχογραφία του Παντοκράτορα, ενώ στο δάπεδο υπάρχει τάφος.
Περίπου 300μ. έξω από τη μονή βρίσκεται η εκκλησία της Αγίας Μαρίνας με παλιές τοιχογραφίες. Η εκκλησία φέρει το οικόσημο της οικογένειας Καλλέργη, μιας από τις σπουδαιότερες οικογένειες της Ενετικής περιόδου, γεγονός που υποδηλώνει ότι η περιοχή ήταν δικό της φέουδο.
Ο ναός του Αγίου Δημητρίου είναι μια πολύ ιδιαίτερη Βυζαντινή τετράκλιτη Βασιλική με θόλο στο τέταρτο κλίτος, του οποίου το ένα (κλίτος) σώζεται με τοιχογραφία του Αγίου Δημητρίου. Θεωρείται ότι ήταν η Επισκοπή του Αγίου που κτίστηκε στη θέση ναού της Αρτέμιδος.
Το χωριό Σκεπαστή παίρνει το όνομα του από τη δίκλιτη Ενετική εκκλησία της Παναγίας της Σκεπαστής και του Αγίου Νικολάου. Μάλιστα υπάρχει ένας μύθος για την Εκκλησία που αξίζει να αναφέρουμε. Κάποτε πειρατές αποβιβάστηκαν στη Σκεπαστή και αιχμαλώτισαν πολλές κοπέλες, τις οποίες τις πούλησαν ως σκλάβες σε έναν Οθωμανό στη Σμύρνη.
Η Παλαιοχριστιανική Βασιλική της Αγίας Σοφίας βρίσκεται νότια του Πανόρμου και αποτελεί μια από τις μεγαλύτερες παλαιοχριστιανικές βασιλικές της Κρήτης με μήκος 54μ. και πλάτος 23μ.. Η Βασιλική ανασκάφηκε το 1948 από τους Κ. Καλοκύρη και Ν. Πλάτωνα και κτίστηκε τον 5-6ο αιώνα, όπως άλλωστε οι περισσότερες παραθαλάσσιες βασιλικές της εποχής.
