Το έντονο ανάγλυφο και το μεσογειακό κλίμα της Κρήτης έχουν δημιουργήσει ένα πυκνό δίκτυο από ποτάμια, χειμάρρους και μικρότερα ρέματα. Τα περισσότερα έχουν εποχική ροή, με αυξημένες παροχές κατά τους βροχερούς χειμερινούς μήνες και ελάχιστο ή καθόλου νερό το καλοκαίρι. Τα ασβεστολιθικά και καρστικά πετρώματα επιτρέπουν σε μεγάλο μέρος του νερού να εισχωρεί στο υπέδαφος και να επανεμφανίζεται χαμηλότερα μέσα από πηγές.

Τα ποτάμια ξεκινούν κυρίως από τους μεγάλους ορεινούς όγκους, διασχίζουν κοιλάδες και φαράγγια και καταλήγουν στο Βόρειο ή στο Νότιο Κρητικό Πέλαγος. Στην πορεία τους σχηματίζουν μικρούς καταρράκτες, λίμνες και υγροτόπους και παρόχθια δάση, ενώ κοντά στις εκβολές τους αναπτύσσονται συχνά σημαντικοί υγρότοποι με καλάμια, αλμυρίκια και υδρόβια βλάστηση.

Ανάμεσα στα γνωστότερα ποτάμια της Κρήτης συγκαταλέγονται ο Κυλιάρης, ο Κερίτης και ο Ταυρωνίτης στα Χανιά, ο Μεγάλος και ο Πλατύς στο Ρέθυμνο, καθώς και ο Γεροπόταμος της Μεσαράς, ο Αναποδάρης, ο Αποσελέμης και ο Γιόφυρος στο Ηράκλειο. Ορισμένα τμήματα ποταμών και πηγών διατηρούν νερό σε όλη τη διάρκεια του έτους και αποτελούν πολύτιμα καταφύγια για ψάρια, αμφίβια, ερπετά, ασπόνδυλα και πολλά είδη πτηνών.

Παρότι καταλαμβάνουν σχετικά μικρή έκταση, τα ποτάμια και τα υπόλοιπα επιφανειακά νερά έχουν καθοριστική σημασία για τη βιοποικιλότητα, την άρδευση, την ύδρευση και το τοπικό μικροκλίμα. Τα οικοσυστήματα αυτά δέχονται πιέσεις από τις καλλιέργειες, την οικιστική ανάπτυξη, την άντληση νερού και τη ρύπανση, γι’ αυτό η παρακολούθηση και η προστασία τους είναι ιδιαίτερα σημαντικές.