Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
Μονή Αγίου Νικήτα 
Ο Άγιος Νικήτας βρίσκεται 65km νότια του Ηρακλείου, στην ανατολική μεριά των άγριων και άνυδρων Αστερουσίων Όρεων. Το μοναστήρι αρχικά ήταν ερημητήριο μοναχών από τη Μονή Κουδουμά. Είναι κτισμένο πάνω σε ένα μεγάλο ύψωμα με απέραντη θέα στο Λιβυκό Πέλαγος.
Η γυναικεία Μονή Ροδιάς, γνωστή στους εκκλησιαστικούς κύκλους ως Ιερό Ησυχαστήριο των Εισοδίων της Θεοτόκου ιδρύθηκε το 1990 από το Μητροπολίτη Νεκτάριο Παπαδάκη. Η έκταση του μοναστηριού ανήκε στην Αγάπη Σμπώκου, η οποία την δώρισε στην Αρχιεπισκοπή Κρήτης με σκοπό τη δημιουργία της Μονής.
Το νεώτερο μοναστήρι με το επίσημο όνομα Ιερό Ησυχαστήριο Γενεσίου της Θεοτόκου βρίσκεται ανατολικά του χωριού Σγουροκεφάλι. Η γυναικεία μονή ιδρύθηκε το 1990 σε ύψωμα που έχει απεριόριστη θέα στις γύρω περιοχές.
Το Ιερό Ησυχαστήριο των Αγίων Πάντων βρίσκεται στο Λουτράκι Κρουσώνα, σε μια ήρεμη τοποθεσία, απομονωμένη από τον κυρίως οικισμό του χωριού.
Η μονή Κυρίας Ελεούσας βρίσκεται κοντά στο χωριό Βορίτσιο και αποτελεί μετόχι της μονής Αγκαράθου. Η μονή έχει κτιστεί πάνω σε λόφο και σε τρία διαφορετικά επίπεδα, λόγω της κλίσης του εδάφους.
Η μονή του Αγίου Νεκταρίου στα Ανώγεια είναι γυναικεία σύγχρονη μονή κτισμένη σε μια όμορφη τοποθεσία με πανοραμική θέα στην γειτονιά Περαχώρι των Ανωγείων.
Η μονή Καλλέργη ή Καλέρη βρίσκεται νοτιοανατολικά του χωριού Σμάρι, περίπου 35km ανατολικά του Ηρακλείου και 4km βόρεια του Καστελίου. Είναι κτισμένη σε μια κατάφυτη περιοχή με πολλούς λόφους και ανάγλυφο έδαφος.
Η μονή του Αγίου Γεωργίου Γοργολαΐνη βρίσκεται σε υψόμετρο 480m κοντά στο χωριό Ασίτες, 24km νότια του Ηρακλείου. Είναι κτισμένη σε μια καταπράσινη τοποθεσία με θεόρατα πλατάνια, κυπαρίσια και πρίνους. Μάλιστα ένα κυπαρίσσι κι ένα πλατάνι της μονής έχουν ανακηρυχτεί διατηρητέα φυσικά μνημεία από το ελληνικό κράτος.
