Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.

Ο Άγιος Νικήτας βρίσκεται 65km νότια του Ηρακλείου, στην ανατολική μεριά των άγριων και άνυδρων Αστερουσίων Όρεων. Το μοναστήρι αρχικά ήταν ερημητήριο μοναχών από τη Μονή Κουδουμά. Είναι κτισμένο πάνω σε ένα μεγάλο ύψωμα με απέραντη θέα στο Λιβυκό Πέλαγος.

Η γυναικεία Μονή Ροδιάς, γνωστή στους εκκλησιαστικούς κύκλους ως Ιερό Ησυχαστήριο των Εισοδίων της Θεοτόκου ιδρύθηκε το 1990 από το Μητροπολίτη Νεκτάριο Παπαδάκη. Η έκταση του μοναστηριού ανήκε στην Αγάπη Σμπώκου, η οποία την δώρισε στην Αρχιεπισκοπή Κρήτης με σκοπό τη δημιουργία της Μονής.

Το νεώτερο μοναστήρι με το επίσημο όνομα Ιερό Ησυχαστήριο Γενεσίου της Θεοτόκου βρίσκεται ανατολικά του χωριού Σγουροκεφάλι. Η γυναικεία μονή ιδρύθηκε το 1990 σε ύψωμα που έχει απεριόριστη θέα στις γύρω περιοχές.

Το Ιερό Ησυχαστήριο των Αγίων Πάντων βρίσκεται στο Λουτράκι Κρουσώνα, σε μια ήρεμη τοποθεσία, απομονωμένη από τον κυρίως οικισμό του χωριού.

Η μονή Κυρίας Ελεούσας βρίσκεται κοντά στο χωριό Βορίτσιο και αποτελεί μετόχι της μονής Αγκαράθου. Η μονή έχει κτιστεί πάνω σε λόφο και σε τρία διαφορετικά επίπεδα, λόγω της κλίσης του εδάφους.

Η μονή του Αγίου Νεκταρίου στα Ανώγεια είναι γυναικεία σύγχρονη μονή κτισμένη σε μια όμορφη τοποθεσία με πανοραμική θέα στην γειτονιά Περαχώρι των Ανωγείων.

Η μονή Καλλέργη ή Καλέρη βρίσκεται νοτιοανατολικά του χωριού Σμάρι, περίπου 35km ανατολικά του Ηρακλείου και 4km βόρεια του Καστελίου. Είναι κτισμένη σε μια κατάφυτη περιοχή με πολλούς λόφους και ανάγλυφο έδαφος.

Η μονή του Αγίου Γεωργίου Γοργολαΐνη βρίσκεται σε υψόμετρο 480m κοντά στο χωριό Ασίτες, 24km νότια του Ηρακλείου. Είναι κτισμένη σε μια καταπράσινη τοποθεσία με θεόρατα πλατάνια, κυπαρίσια και πρίνους. Μάλιστα ένα κυπαρίσσι κι ένα πλατάνι της μονής έχουν ανακηρυχτεί διατηρητέα φυσικά μνημεία από το ελληνικό κράτος.

Η Μονή Οδηγητρίας είναι ανδρική μονή που βρίσκεται σε οχυρή θέση των Αστερουσίων, Η Μονή Οδηγητρίας είναι ανδρική μονή που βρίσκεται σε οχυρή θέση των Αστερουσίων Ορέων, σε υψόμετρο 250m. Η μονή είναι προσβάσιμη μέσω του χωριού Σίβα της Μεσαράς.

Η μονή Παναγίας Σπηλιώτισσας βρίσκεται 22km νότια του Ηρακλείου, ανάμεσα στα χωριά Χουδέτσι και Άγιος Βασίλειος. Είναι κρυμμένη στην μια πλευρά του φαραγγιού της Σπηλιώτισσας και πνιγμένη μέσα στη βλάστηση. Η πρόσβαση γίνεται περπατώντας σε ένα καταπράσινο μονοπάτι μήκους 500m από το Χουδέτσι.

Το Ιερό Ησυχαστήριο Αγία Φωτεινή η Σαμαρείτιδα βρίσκεται στα Ελληνοπεράματα Μαλεβυζίου, στο δρόμο που οδηγεί στη Ροδιά. Ιδρύθηκε τον Ιούνιο του 1991 από τον αρχιεπίσκοπο Κρήτης Τιμόθεο. Στη μονή βρίσκεται ο ναός της Αγίας Φωτεινής, το παρεκκλήσι του Αγίου Φανουρίου, τα κελιά των μοναχών αδελφών καθώς και ο τάφος του κτήτορα.

Η μονή Αγίας Ειρήνης βρίσκεται 25km νότια του Ηρακλείου και 3km δυτικά του Κρουσσώνα, στις πλαγιές του Ψηλορείτη και σε υψόμετρο 630m. Η πρόσβαση στη μονή γίνεται μέσω του δρόμου που συνδέει τον Κρουσσώνα με το Κρουσσανιώτικο Λιβάδι και με το διπλανό ίδρυμα για τα παιδιά με ειδικές ανάγκες «ο Άγιος Σπυρίδων».

Η μονή του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στην Ανώπολη είναι αντρικό μοναστήρι που βρίσκεται σχετικά κοντά στο Ηράκλειο. Παρόλο που γνώρισε τη σκληρότητα των Τούρκων κατά την τουρκική κατοχή της Κρήτης, το μοναστήρι εξακολουθεί και λειτουργεί έως σήμερα. Η μονή είναι κτισμένη σε μια όμορφη κοιλάδα σε υψόμετρο 170m νοτιοανατολικά της Ανώπολης.

Η Μονή της Παναγίας της Καλυβιανής βρίσκεται σε υψόμετρο 80m περίπου 60km νότια από το Ηράκλειο, κοντά στις Μοίρες και στο χωριό Καλύβια. Είναι σχετικά νέα μονή η οποία χτίστηκε πάνω στα ερείπια παλιάς εκκλησίας.

Η μονή της Παναγίας της Παντάνασσας είναι κτισμένη στην κορυφή ενός πευκόφυτου λόφου δίπλα στη θάλασσα και σε υψόμετρο 30m, περίπου 14km δυτικά του Ηρακλείου. Είναι νεώτερο γυναικείο μοναστήρι αφιερωμένο στο Γενέσιο της Θεοτόκου (8 Σεπτεμβρίου).

Η Μονή Κουδουμά βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού «Καταρράκτης» στα Αστερούσια Όρη, 80km νότια του Ηρακλείου και μόλις 40m από μια πανέμορφη παραλία. Είναι από τις πλέον απομονωμένες μονές της Κρήτης, καθώς η πρόσβαση από το Ηράκλειο απαιτεί 2,5 ώρες.

Η μονή της Αγίας Μαρίνας βρίσκεται 500m νότια από το χωριό Βόνη και την ημέρα της εορτής της (17 Ιουλίου) συγκεντρώνει το περισσότερο πλήθος πιστών από οποιοδήποτε άλλο μοναστήρι στην Κρήτη, με ουρές χιλιομέτρων από αυτοκίνητα και υπαίθριους πάγκους μικροπωλητών.

Η Μονή του Αγίου Παντελεήμονος βρίσκεται 25km δυτικά του Ηρακλείου και 3km νότια του Φόδελε, σε μια κατάφυτη περιοχή από πορτοκαλεώνες και ελαιώνες. Το μοναστήρι ήταν κτισμένο με φρουριακή αρχιτεκτονική για να αποκρούει τις εχθρικές επιθέσεις. Σήμερα σώζεται τμήμα από τον οχυρωματικό περίβολο και η όμορφη είσοδος του μοναστηριού.

Η Ιερά Μονή Οσίας Ειρήνης Χρυσοβαλάντου Ηρακλείου (εορτ. 28 Ιουλίου), βρίσκεται στις νότιες παρυφές της πόλης. Ιδρύθηκε, ως Ανδρώα Κοινοβιακή Μονή στις 14 Απριλίου 2002 από τον Μεθόδιο Σαμαριτάκη. Σήμερα αριθμεί λίγους μοναχούς που ασχολούνται με την παραγωγή κεριού και θυμιάματος κ.α.

Η Μονή Βροντησίου βρίσκεται 49km νοτιοδυτικά του Ηρακλείου, κοντά στο Βοριζιανό φαράγγι, ανάμεσα στα χωριά Ζαρός και Βορίζια σε μια περιοχή με πανορανική θέα στα Βορίζια και στον κάμπο της Μεσαράς. Η μονή είναι αφιερωμένη στον Άγιο Αντώνιο και αποτελεί ένα από τα παλαιότερα μοναστήρια στην Κρήτη.