Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
Μονή Παναγίας Οδηγήτριας στο Σίβα 
Η Μονή Οδηγητρίας είναι ανδρική μονή που βρίσκεται σε οχυρή θέση των Αστερουσίων, Η Μονή Οδηγητρίας είναι ανδρική μονή που βρίσκεται σε οχυρή θέση των Αστερουσίων Ορέων, σε υψόμετρο 250m. Η μονή είναι προσβάσιμη μέσω του χωριού Σίβα της Μεσαράς.
Η μονή Παναγίας Σπηλιώτισσας βρίσκεται 22km νότια του Ηρακλείου, ανάμεσα στα χωριά Χουδέτσι και Άγιος Βασίλειος. Είναι κρυμμένη στην μια πλευρά του φαραγγιού της Σπηλιώτισσας και πνιγμένη μέσα στη βλάστηση. Η πρόσβαση γίνεται περπατώντας σε ένα καταπράσινο μονοπάτι μήκους 500m από το Χουδέτσι.
Το Ιερό Ησυχαστήριο Αγία Φωτεινή η Σαμαρείτιδα βρίσκεται στα Ελληνοπεράματα Μαλεβυζίου, στο δρόμο που οδηγεί στη Ροδιά. Ιδρύθηκε τον Ιούνιο του 1991 από τον αρχιεπίσκοπο Κρήτης Τιμόθεο. Στη μονή βρίσκεται ο ναός της Αγίας Φωτεινής, το παρεκκλήσι του Αγίου Φανουρίου, τα κελιά των μοναχών αδελφών καθώς και ο τάφος του κτήτορα.
Η μονή Αγίας Ειρήνης βρίσκεται 25km νότια του Ηρακλείου και 3km δυτικά του Κρουσσώνα, στις πλαγιές του Ψηλορείτη και σε υψόμετρο 630m. Η πρόσβαση στη μονή γίνεται μέσω του δρόμου που συνδέει τον Κρουσσώνα με το Κρουσσανιώτικο Λιβάδι και με το διπλανό ίδρυμα για τα παιδιά με ειδικές ανάγκες «ο Άγιος Σπυρίδων».
Η μονή του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στην Ανώπολη είναι αντρικό μοναστήρι που βρίσκεται σχετικά κοντά στο Ηράκλειο. Παρόλο που γνώρισε τη σκληρότητα των Τούρκων κατά την τουρκική κατοχή της Κρήτης, το μοναστήρι εξακολουθεί και λειτουργεί έως σήμερα. Η μονή είναι κτισμένη σε μια όμορφη κοιλάδα σε υψόμετρο 170m νοτιοανατολικά της Ανώπολης.
Η Μονή της Παναγίας της Καλυβιανής βρίσκεται σε υψόμετρο 80m περίπου 60km νότια από το Ηράκλειο, κοντά στις Μοίρες και στο χωριό Καλύβια. Είναι σχετικά νέα μονή η οποία χτίστηκε πάνω στα ερείπια παλιάς εκκλησίας.
Η μονή της Παναγίας της Παντάνασσας είναι κτισμένη στην κορυφή ενός πευκόφυτου λόφου δίπλα στη θάλασσα και σε υψόμετρο 30m, περίπου 14km δυτικά του Ηρακλείου. Είναι νεώτερο γυναικείο μοναστήρι αφιερωμένο στο Γενέσιο της Θεοτόκου (8 Σεπτεμβρίου).
Η Μονή Κουδουμά βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού «Καταρράκτης» στα Αστερούσια Όρη, 80km νότια του Ηρακλείου και μόλις 40m από μια πανέμορφη παραλία. Είναι από τις πλέον απομονωμένες μονές της Κρήτης, καθώς η πρόσβαση από το Ηράκλειο απαιτεί 2,5 ώρες.
