Margarites in der historischen Provinz Mylopotamos gehört zu den schönsten traditionellen Dörfern Kretas. Das Dorf liegt an einer aussichtsreichen Stelle in ungefähr 300 Metern Höhe über grünen Schluchten und der umliegenden Landschaft. Seine farbenfrohen Steinhäuser, historischen Kirchen und malerischen Gassen bilden ein besonders reizvolles Ortsbild.

In geringer Entfernung befinden sich die antike Stadt Eleftherna und das Archäologische Museum von Eleftherna. Margarites eignet sich daher ideal für eine Pause, einen Spaziergang durch die Gassen und eine Begegnung mit der traditionellen Architektur und dem Kunsthandwerk von Mylopotamos.

Das Dorf besitzt eine lange Tradition in der Töpferei. In den Werkstätten und Geschäften werden große Vorratsgefäße, Blumentöpfe, Teller und zahlreiche weitere dekorative oder praktische Keramikwaren angeboten. Die Techniken der örtlichen Töpfer haben tiefe historische Wurzeln und werden seit Generationen weitergegeben. Zusammen mit Thrapsano bei Heraklion gehört Margarites zu den bedeutendsten Töpferzentren Kretas.

Die Geschichte des Dorfes spiegelt sich auch in seinen zahlreichen Kirchen wider. Zu den bemerkenswertesten zählt die Kirche des Heiligen Johannes mit Fresken aus dem Jahr 1383. Sehenswert sind außerdem die Kirche der Entschlafung der Jungfrau Maria mit ihrem eindrucksvollen Glockenturm und die Kirche des Heiligen Nikolaus. Auf einem Hügel oberhalb des Dorfes befindet sich das Kloster der Verklärung Christi und des Heiligen Gedeon.

Margarites wurde 1333 von den Venezianern zerstört, nachdem sich seine Bewohner an Aufständen beteiligt hatten. Während der osmanischen Herrschaft entwickelte sich das Dorf zu einem Verwaltungszentrum der Provinz Mylopotamos. Im Jahr 1829 war es Sitz des Kretischen Rates und 1879 wurde es zum Sitz der Gemeinde Margarites.