Die Existenz zahlreicher Höhlen ist untrennbar mit der schroffen Topographie von Kreta verbunden. Die Menschen lebten in Höhlen vor Tausenden von Jahren, wie durch die prähistorischen Schnitzereien in der Höhle Skordilakia von Asfendou belegt wurde. Darüber hinaus wird die heutige religiöse Tradition in den Höhlen die kavernöse Kapellen beherbergt, eine Evolution der Anbetung der alten Götter in Höhlen.
Kinigotafkos Höhle 
Die Höhle Kynigotafkos oder Tafkos von Sykia (Feigenbaum) befindet sich in der Nähe von Gonies, an der Stelle Voskero, auf einer Höhe von 1092 Metern, etwa 40 km westlich von Heraklion. Sie wird unter den Abgründen eingestuft und ihre erforschte Tiefe beträgt 70 Meter.
Die Höhle von Kera Spiliotisa befindet sich in Flomes Position von Vrysses, Chania. Die Gegend ist sehr schwer durch üppige Vegetation zu erreichen und der schmale Eingang der Höhle ist nicht leicht zu sehen. Sie befindet sich neben dem Gebiet, wo Archäologen die antike Stadt Pergamos oder Polihna positionieren. Deshalb erforschte sie der französische Archäologe Paul Faure und fand menschliche Knochen und Töpferscheiben, so dass die Höhle religiös war.
Die Höhle Fovole befindet sich nördlich von Atherinolakos an der Position Fovolies. Sie befindet sich neben einer minoischen Siedlung. Sie ist eine kleine Höhle und ist leicht zugänglich.
Die Höhle Ano Peristeras ist einer der vielen unterirdischen Flüsse der Gegend von Karidi, Sitia Provinz. Sie liegt auf einer Höhe von 650 Metern, die Länge der Strecken übersteigt 5500m und ihre Tiefe ist über 220m.
Die Tafkos Mavri (Schwarzes Sinkloch) befindet sich oberhalb des Dorfes Vistagi auf einer Höhe von 1450 m und hat eine insgesamt erforschte Tiefe von 200m mit vertikalen Rappels von 50 Metern und riesigen Hallen, die 1500 qm erreichen.
Diese Höhle wurde im Jahre 1976 bei Straßenbauarbeiten entdeckt. Diese Grabhöhle wurde vor allem während der neolithischen und minoischen Zeit benutzt. Die Höhle wurde vor allem für die Beseitigung von Toten verwendet, wie die zahlreichen Knochen und Schädel, die hier gefunden wurden. Archäologen haben auch viele Angebote gefunden.
Die Höhle von Peristeras liegt am nordwestlichen Rand des Limnakaro Plateaus, südlich des Dorfes Avrakontes. Es wurde festgestellt, dass in der Mitte minoischer Zeit sie für Begräbniszwecke benutzt wurde. Heute wird der große Eingang der Höhle von riesigen Felsen blockiert und behindert den Weg in die Höhle.
Höhle Gaidourotripa liegt westlich von Kritsa, auf der Straße, die zum Plateau Katharo führt. Die Höhle trägt sehr reichhaltige Dekoration. Ihr Name bedeutet buchstäblich Eselhöhle, weil die Einheimischen die älteren Esel in die Höhle brachten.
