Die Existenz zahlreicher Höhlen ist untrennbar mit der schroffen Topographie von Kreta verbunden. Die Menschen lebten in Höhlen vor Tausenden von Jahren, wie durch die prähistorischen Schnitzereien in der Höhle Skordilakia von Asfendou belegt wurde. Darüber hinaus wird die heutige religiöse Tradition in den Höhlen die kavernöse Kapellen beherbergt, eine Evolution der Anbetung der alten Götter in Höhlen.
Arkalohori Höhle 
Die Höhle von Arkalochori, auch bekannt als Heilige Höhle, liegt an der Südwestseite des Dorfes Arkalochori, speziell im Südwesten der Profitis Ilias Kirche, 400m über dem Meeresspiegel. Ein schmaler Eingang (0.70cm breit, 1.60cm hoch) führt zum Innenraum, wo man wegen Platzmangels nicht aufrecht gehen kann.
Die Mougri Höhle befindet sich in der Mitte der Kouloukonas Berge, nordwestlich von Vossakos Kloster. Sie wurde in den Plattenkalk Felsen gebildet, wahrscheinlich entlang eines der großen Brüche in der Gegend.
Die Höhle Koumarospilios liegt in der Nähe des Klosters Gouverneto und hat einen großen archäologischen Wert. Die Höhle wurde 1942 von U. Jantzen und 1972 von I. Tzedakis ausgegraben.
Die Höhle Chonos Sitanos ist eine Höhle in der Nähe von Sitanos, wo es viele Höhlen gibt. Die Gesamtlänge der Strecken in der Höhle beträgt 400m und die maximale Tiefe beträgt 94m.
Im Süden von Kroustas treffen wir das historische Höhlen Totho Tafos (Grab), wo die Rebellen der EAM (griechische Guerilla Armee während des Zweiten Weltkrieges) während der deutschen Besatzung Schutz fanden. Wie üblich wurde der Ort durch Verrat offenbart, und die Deutschen verhafteten sie und führten alle an dieser Stelle aus..
Doxa Höhle liegt auf einer Höhe von 463m, in der Position Kaka Pila von Marathos, 20km westlich von Heraklion. Das ist eine kleine, aber bekannte Höhle, die ein sehr beeindruckendes Dekor in verschiedenen Farben und Formen hat. Doxa Höhle befindet sich 7,5 km nach der Kreuzung nach Tylisos, in Richtung Damasta.
Die Anonymus Höhle von Tylissos befindet sich 16 km westlich von Heraklion, ca. 1 km vor Voulismeno Aloni, auf einer Höhe von 250 Metern. Sie wurde im Jahr 2010 während der Arbeiten für die neue Straße zwischen Tylissos mit Anogia enthüllt.
Tafkos liegt im Gebiet Petradolakia auf einer Höhe von 1.440 Metern, ca. 13 km südlich von Anogia. Sie gehört zu den Höhlen und ihre erforschte Tiefe beträgt 475 Meter und die Gesamtlänge beträgt 383 Meter. Sie gilt als die zweithöchste Höhle bei Psiloritis und als sie zuerst entdeckt wurde (1989), war sie die tiefste Höhle in Griechenland.
