Die Blütezeit der großen minoischen Paläste und der eindrucksvollen Bauwerke erstreckte sich von 2000 bis 1400 v. Chr. Um 1700 v. Chr. wurden die minoischen Städte durch eine bis heute nicht eindeutig geklärte Ursache zerstört, möglicherweise im Zusammenhang mit vulkanischen Aktivitäten auf Santorin. Die Paläste wurden anschließend noch prächtiger wieder aufgebaut. Die Zerstörung der großen minoischen Zentren durch die Mykener um 1400 v. Chr. markierte jedoch den Beginn des Niedergangs. Die minoische Großmacht wurde unwiderruflich erschüttert, konnte sich nicht mehr erholen und verschwand im Laufe der folgenden Jahrhunderte. Dadurch wurde die Eroberung der Insel durch die Achäer und später durch die Dorer ermöglicht.

Die Bewohner der Küstenregionen, die sich erstmals durch äußere Feinde bedroht sahen, zogen sich auf die unwirtlichsten und schroffsten Berggipfel zurück. Damit begann das sogenannte Dunkle Zeitalter (1200–800 v. Chr.), in dem Siedlungen an schwer zugänglichen und von Natur aus befestigten Orten entstanden. Bis heute ist nicht vollständig geklärt, was die Minoer dazu zwang, ihr fruchtbares Land zu verlassen und uneinnehmbare Siedlungen auf windgepeitschten Berggipfeln zu errichten. Zu den eindrucksvollsten Beispielen gehören Karfi, Flektro, Kastro bei Kavoussi, Azorias, Vrondas, Kastrokefala, Kyrimianos und Fratiani Kefala.

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