Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης προσφέρει μια σύνθετη εικόνα της ιστορίας και της τέχνης της Κρήτης από τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους ως τον 20ο αιώνα, ενώ οι περιοδικές του εκθέσεις κινούνται από τη Βυζαντινή ως τη σύγχρονη τέχνη, την ανάδειξη κορυφαίων λογοτεχνικών μορφών της Ελλάδας και την παρουσίαση μεγάλων ιστορικών γεγονότων. Ο επισκέπτης που επιθυμεί να γνωρίσει εις βάθος την κρητική ιστορία, μπορεί να επισκεφθεί το Ιστορικό Αρχείο Κρήτης στα Χανιά με 170 αρχειακές συλλογές. Στα Χανιά στεγάζεται και το δεύτερο σημαντικότερο Ναυτικό Μουσείο της Ελλάδας, που έχει σκοπό τη διαφύλαξη της μεγάλης ναυτικής παράδοσης της Κρήτης. Σπουδαία είναι και τα Βυζαντινά Μουσεία Ηρακλείου, Χανίων και Ρεθύμνου.
Αξιόλογες είναι και οι συλλογές πολεμικού και αρχειακού υλικού, που έχουν σκοπό τη διατήρηση της μνήμης για τον αντιστασιακό αγώνα των Κρητικών, από την Οθωμανική Εποχή ως και την περίοδο του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου. Οι σπουδαιότερες από αυτές είναι το Στρατιωτικό Μουσείο Ρεθύμνου στο Χρωμοναστήρι, το Ιστορικό Μουσείο Βοριζίων, το Μουσείο Εθνικής Αντίστασης Θερίσου, το μουσείο Μπαντουβά στο Ηράκλειο, το μουσείο Κεραμειών, του Αναγνώστη Σκαλίδη στα Περβόλια Κισσάμου και τα Πολεμικά μουσεία Ασκύφου και Αργυράκη. Εξίσου σημαντική είναι και η ανάδειξη ιστορικών σημείων ως μουσειακών τόπων μνήμης, ανάμεσά τους οι Γερμανικές Στοές στον Πλατανιά και η Στοά Μακάσι στα Τείχη του Ηρακλείου που λειτουργούσε ως χώρος κράτησης ομήρων και συλληφθέντων.
Ιστορικό Μουσείο Κρήτης 
Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1953 από της Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών. Στεγάζεται σε ένα υπέροχο νεοκλασικό κτίριο που ήταν η οικία του Μίνωα Καλοκαιρινού και παραχωρήθηκε από το Ίδρυμα Καλοκαιρινού.
Στην είσοδο του λιμανιού των Χανίων βρίσκεται το Φρούριο Φιρκά όπου την 1η Δεκεμβρίου 1913 υψώθηκε η Ελληνική σημαία επισφραγίζοντας την Ένωση της Κρήτης με τη μητέρα Ελλάδα.
Το Μουσείο Εικόνων και Κειμηλίων Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης στεγάζεται στον Ενετικό ναό της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών, στο κέντρο του Ηρακλείου, και δίπλα στο Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά.
Το Μουσείο Ιστορίας της Ταφής αποτελεί έναν πολύ ιδιαίτερο χώρο του Ηρακλείου. Στεγάζεται στο διώροφο οστεοφυλάκιο του παλαιού κοιμητηρίου των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, το οποίο χρονολογείται από το 1890 και παρουσιάζει την ιστορία της ταφής από τη μινωική εποχή ως και σήμερα.
Το μουσείο στεγάζεται από το 1997 στο καθολικό της μονής του San Salvatore, χρονολογείται πιθανότατα στο 15ο αιώνα, δίπλα στον ομώνυμο προμαχώνα, στη δυτική πλευρά των ενετικών οχυρώσεων.
Το Ιστορικό Αρχείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1920 με έδρα τα Χανιά το οποίο λειτούργησε άτυπα μέχρι το 1928 οπότε αναγνωρίσθηκε ως ΝΠΔΔ. Το 1943, με νομοθετικό διάταγμα έγινε Δημόσια Υπηρεσία ως παράρτημα των Γενικών Αρχείων του Κράτους.
Ιδρύθηκε το 1974 και στεγάζεται σε βενετσιάνικο κτήριο του 17ου αιώνα. Αποτελεί ένα θαυμάσιο δείγμα αστικής κατοικίας της τελευταίας φάσης της Βενετοκρατίας στην Κρήτη, σε ρυθμό αναγεννησιακό.
Το Μουσείο – Κέντρο Έρευνας και Μελέτης του Μικρασιατικού Πολιτισμού του νομού Χανίων εγκαινιάστηκε το 2019 από την Αδελφότητα Μικρασιατών Χανίων “Ο Αγιος Πολύκαρπος” εις μνήμην της Άννας Νικολιδάκη, σε ακίνητο που παραχώρησε η μονή Αγίας Τριάδας Τζαγκαρόλων.
