Τα μοναστήρια που ιδρύθηκαν και λειτούργησαν στην επαρχία Σφακίων από την Α' Βυζαντινή Περίοδο μέχρι τα τέλη της Οθωμανικής Εποχής δεν είναι γνωστά στο σύνολο τους και οι σποραδικές πληροφορίες που έχουν διασωθεί δεν επαρκούν για να σχηματίσει κανείς το μοναστηριακό χάρτη της συνδεδεμένης με ηρωισμούς και επαναστάσεις επαρχίας. Τα μέχρι σήμερα στοιχεία μιλούν για μοναστήρια που λειτούργησαν και ήκμασαν μόνο κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας και αυτά δεν φαίνεται να ήταν ιδιαίτερα μεγάλα. Το πιο γνωστό απ' αυτά είναι το Μοναστήρι της Παναγίας της Θυμιανής, ιερός χώρος και προσκύνημα ελευθερίας όχι μόνο για την επαρχία Σφακίων, αλλά και για ολόκληρη την Κρήτη.
Μονή Αγίου Χαραλάμπους στο Φραγκοκάστελο 
Ανάμεσα στα θερμοκήπια του Φραγκοκάστελου συναντάμε το εγκαταλελειμμένο σήμερα μονύδριο του Αγίου Χαραλάμπους με τη λαμπρή όμως ιστορία. Λέγεται ότι στο χώρο της μονής εγκαταστάθηκαν το 1821 οι μοναχοί Γρηγόριος και Μαγδαληνή, αν και πιστεύεται ότι η μονή ήταν πολύ παλαιότερη.
Η μονή της Παναγίας Θυμιανής βρίσκεται κοντά στα Σφακιά, στην περιοχή Θυμέ Αρμί, κι αποτελεί μια από τις ιστορικότερες τοποθεσίες στην Κρήτη. Εδώ στις 29 Μαΐου 1821 οι οπλαρχηγοί της Κρήτης κήρυξαν την επανάσταση κατά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Γι’ αυτό το λόγο η μονή ονομάζεται Αγία Λαύρα της Κρήτης.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται κοντά στην Παναγία τη Θυμιανή, στην περιφέρεια του χωριού Κομιτάδες Σφακίων. Αυτό που κάνει τον ναό ένα σπουδαίο Βυζαντινό μνημείο είναι οι υψηλής ποιότητας τοιχογραφίες που σώζονται στο εσωτερικό του από τον γνωστό αγιογράφο της Δυτικής Κρήτης, τον Ιωάννη Παγωμένο
Ανάμεσα στο Λουτρό Σφακίων και τη διάσημη παραλία Γλυκά Νερά συναντάμε το ασβεστοβαμμένο ξωκλήσι του Τιμίου Σταυρού, με μεγάλα τραπέζια που μαρτρούν ότι εδώ γίνεται μεγάλο πανηγύρι στις 14 Σεπτεμβρίου κάθε χρόνο. Στο σημείο του ναού υπήρξε μικρό φρούριο.
Στο μέσο του οικισμού του Λουτρού είναι κτισμένος ο όμορφος και ευρύχωρος ναός της Παναγίας του Λουτρού αφιερωμένος στην Ζωοδόχο Πηγή που έχει σπουδαία ιστορική σημασία. Το προαύλιο έχει ένα μεγάλο φοινικόδεντρο του Θεόφραστου (της Κρητικής ποικιλίας δηλαδή) και ένα πηγάδι με νερό.
Στην περιοχή Πάνω Ρούγα του έρημου χωριού Καλλικράτης βρίσκεται η δίκλιτη εκκλησία της Παναγίας και του Μιχαήλ Αρχαγγέλου, χτισμένη τον 19ο αιώνα. Δεσπόζει το λιθόγλυπτο καμπαναριό του 1893 και το ομοίωμα ηλιακού ρολογιού στον εξωτερικό της τοίχο.
Ο Άγιος Παύλος είναι Βυζαντινή εκκλησία που είναι χτισμένη πάνω στην παραλία, στη θέση Σελούδα. Βρίσκεται στο σημείο όπου ο Απόστολος Παύλος λέγεται ότι βάπτισε ανθρώπους περνώντας από δω κατά το ταξίδι του για τη Ρώμη. Είναι μια πολύ γραφική μικρή εκκλησία, χτισμένη πάνω στην παραλία με πέτρες από την περιοχή.
Ο μικρός μονοχωρος καμαροσκέπαστος ναός της Οσίας Μαρίας της Αιγυπτίας βρίσκεται στον έρημο οικισμό της Σαμαριάς, μέσα στο ομώνυμο φαράγγι, και σε σημείο που οδηγεί σύντομο μονοπάτι. Σύμφωνα με μια από τις εκδοχές, το όνομά του φαραγγιού της Σαμαριάς προέρχεται από την παραφθορά του ονόματος της Οσίας Μαρίας.
