Η Μονή των 98 θεοφόρων Πατέρων βρίσκεται σε μια κατάφυτη τοποθεσία κοντά στο χωριό Αζωγυρές. Κτίστηκε το 1864 από τον Κωνσταντίνο Κριάρη στο χώρο όπου σύμφωνα με την παράδοση έφτασαν οι 99 Άγιοι Πατέρες, με αρχηγό τον Άγιο Ιωάννη τον Ερημίτη, έναν από τους γνωστότερους Αγίους της Κρήτης που θεωρείται ο ιδρυτής του ασκητισμού στο νησί.

Ο Άγιος Κήρυκος ή Άη Κήρκος (Κύρκος) βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο της Λισσού. Είναι μικρός μονόχωρος ναός που έχει κτιστεί στη θέση Παλαιοχριστιανικής Βασιλικής, όπως και ο κοντινός ναός της Παναγιάς, και δίνει το όνομα του σε όλη την κοιλάδα. Είναι καμαροσκέπαστος Βυζαντινός ναός με μισοκατεστραμμένες τοιχογραφίες, από τις οποίες έχουν διασωθεί οι χρονολογίες 1436, 1437 και 1439.

Ο ναός της Αγίας Άννας βρίσκεται στο Ανισαράκι Κανδάνου και αποτελεί μια από τις σημαντικότερες Βυζαντινές Εκκλησίες της Κρήτης, καθώς φέρει πολύ σπουδαίες τοιχογραφίες του 1457-1462. Το εικονοστάσι είναι τοιχογραφημένο και δε φέρει ξύλινο τέμπλο.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στη Σκλαβοπούλα φέρει τοιχογραφίες δύο φάσεων. Οι αρχαιότερες (ιερό και τμήμα βόρειου τοίχου) χρονολογούνται στο 1290, ενώ η δεύτερη φάση (υπόλοιπο τμήμα βόρειου τοίχου και δυτικού τοίχου) χρονολογείται στο 14ο αιώνα.

Λίγο έξω από τα ιστορικά και μαρτυρικά Φλώρια Σελίνου Χανίων συναντάμε τον κοιμητηριακό ναό του Αγίου Γεωργίου. Ο ναός του Άη Γιώργη βρίσκεται στη δυτική πλευρά της κατάφυτης από πλατάνια και καστανιές λαγκαδιάς που χαρακτηρίζει το τοπίο του χωριού. Το απλό εξωτερικά εκκλησάκι που ανήκει στον συνηθισμένο τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου ναού χτίστηκε στην περίοδο της Ενετοκρατίας και έχει στο εσωτερικό του πολύ πλούσιο τοιχογραφικό διάκοσμο.

Ο Ασφενδιλές Σελίνου Χανίων είναι ένα μικρό ορεινό χωριουδάκι, από τα πιο απομακρυσμένα ολόκληρης της Κρήτης. Αυτό που σήμερα έχει μείνει να θυμίζει το ένδοξο παρελθόν είναι ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου που χρονολογείται στα χρόνια της Ενετοκρατίας στην Κρήτη. Είναι ο κοιμητηριακός ναός του χωριού και βρίσκεται ανάμεσα στις δύο γειτονιές που αποτελούν τον Ασφενδιλέ.

Λίγα μέτρα ανατολικά από τη γειτονιά Τσισκιανά που ανήκει στην κοινότητα Επανοχωρίου Σελίνου βρίσκεται ο κατάγραφος Βυζαντινός ναός του Αγίου Ευτυχίούς ή Ευτυχίου (εορτ. 24 Αυγούστου). Ο ναός είναι μικρός, μονόχωρος και καμαροσκέπαστος και είναι κτισμένος σε καταπράσινη ρεματιά με πλατάνια.

Ο κοιμητηριακός ναός της Αγίας Παρασκευής βρίσκεται ανάμεσα στον οικισμό Κίτυρος και το χωριό Βουτάς Σελίνου. Ο ναός φαίνεται λιτός μονόχωρος και καμαροσκέπαστος, όπως πάρα πολλοί ναοί της επαρχίας Σελίνου, αλλά στο εσωτερικό του φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες του 1372-23.