Τα Χανιά διατηρούν μια ιδιαίτερα πλούσια θρησκευτική κληρονομιά, στην οποία αποτυπώνεται η μακραίωνη συνύπαρξη διαφορετικών πολιτισμών και θρησκευτικών κοινοτήτων.

Στην Παλιά Πόλη και στις ιστορικές συνοικίες συναντώνται βυζαντινοί και μεταβυζαντινοί ναοί, ενετικές καθολικές εκκλησίες και μοναστήρια, ορθόδοξοι ναοί, οθωμανικά τεμένη και η εβραϊκή συναγωγή. Ανάμεσα στα σημαντικότερα μνημεία ξεχωρίζουν η Μητρόπολη των Χανίων, ο ναός του Αγίου Ρόκου και το τέμενος Κιουτσούκ Χασάν. Πολλά από αυτά έχουν αποκατασταθεί και λειτουργούν σήμερα ως χώροι λατρείας, πολιτισμού ή ιστορικής μνήμης.