Οι Μαργαρίτες, στην ιστορική επαρχία Μυλοποτάμου, αποτελούν ένα από τα ομορφότερα παραδοσιακά χωριά της Κρήτης. Είναι κτισμένες σε πανοραμική τοποθεσία, σε υψόμετρο περίπου 300 μέτρων, πάνω από καταπράσινες ρεματιές. Τα πολύχρωμα πετρόκτιστα σπίτια, οι παλιές εκκλησίες και τα γραφικά σοκάκια δημιουργούν ένα ιδιαίτερα όμορφο οικιστικό σύνολο.

Σε μικρή απόσταση από το χωριό βρίσκονται η Αρχαία Ελεύθερνα και το Αρχαιολογικό Μουσείο Ελεύθερνας. Έτσι, οι Μαργαρίτες αποτελούν ιδανική στάση για φαγητό, περίπατο και γνωριμία με την παραδοσιακή αρχιτεκτονική και τις τέχνες του Μυλοποτάμου.

Το χωριό έχει μακρά παράδοση στην αγγειοπλαστική. Στα εργαστήρια και τα καταστήματά του θα δείτε πιθάρια, γλάστρες, πιατέλες και πολλά ακόμη κεραμικά αντικείμενα, διακοσμητικά ή χρηστικά. Οι τεχνικές των αγγειοπλαστών έχουν βαθιές ρίζες και περνούν από γενιά σε γενιά. Οι Μαργαρίτες, μαζί με το Θραψανό Ηρακλείου, συγκαταλέγονται στα σημαντικότερα κέντρα αγγειοπλαστικής της Κρήτης.

Η ιστορία του χωριού αποτυπώνεται και στις πολυάριθμες εκκλησίες του. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν ο Άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος, με τοιχογραφίες που χρονολογούνται στο 1383, ο Άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος του 15ου αιώνα, η Κοίμηση της Θεοτόκου με το εντυπωσιακό καμπαναριό και ο Άγιος Νικόλαος. Σε λόφο πάνω από το χωριό βρίσκεται επίσης η Μονή Μεταμόρφωσης του Σωτήρος και Αγίου Γεδεών.

Οι Μαργαρίτες καταστράφηκαν από τους Ενετούς το 1333, εξαιτίας της επαναστατικής δράσης των κατοίκων τους. Κατά την Οθωμανική περίοδο αποτέλεσαν διοικητικό κέντρο της επαρχίας Μυλοποτάμου, ενώ το 1829 έγιναν έδρα του Κρητικού Συμβουλίου. Αργότερα, το 1879, αποτέλεσαν έδρα του Δήμου Μαργαριτών.