Η Κρήτη έχει περιορισμένους υδάτινους πόρους, λόγω της γεωγραφικής της θέσης και των καιρικών φαινομένων που επικρατούν. Για την επάρκεια του νησιού, κατασκευάζονται φράγματα και τεχνητές δεξαμενές, που σε σύντομο χρόνο μετατρέπονται σε σημαντικούς υδροβιότοπους, εμπλουτίζοντας τη βιοποικιλότητα του νησιού.
Η μεγαλύτερη φυσική λίμνη της Κρήτης βρίσκεται στον Κουρνά Αποκορώνου, όπου υπάρχει διαμορφωμένο παρατηρητήριο πτηνών. Μικρές αλλά σημαντικές φυσικές λίμνες με νερό όλο το χρόνο βρίσκονται στον Τερσανά Χανίων, στο Μοχό και στο Θραψανό, ενώ εποχικές λίμνες βρίσκονται στην Ορνέ, στο Παρακαλούρι, στη Ζίρο, στον Ομαλό Βιάννου, στον Αχεντριά, στο Στρούμπουλα, σε διάφορα οροπέδια του Μιραμπέλου, στη λίμνη του Διγενή στη Γέργερη και σε πολλά άλλα σημεία. Τεχνητές λίμνες που μπορεί κάποιος να παρατηρήσει πουλιά βρίσκονται στην Αγυιά Χανίων, στα μεγάλα φράγματα Μπραμιανών, Αποσελέμη, Φανερωμένης, Ποταμών και στα πολυάριθμα μικρά φράγματα της ενδοχώρας του Ηρακλείου, ενώ αξιόλογο σημείο για βόλτα είναι η λίμνη του Ζαρού.
Λίμνη Φανερωμένης 
Το φράγμα της Φανερωμένης βρίσκεται 7 χλμ δυτικά του χωριού Ζαρού και περίπου 7 χλμ βόρεια του Τυμπακίου. Βρίσκεται σε μια υπέροχη τοποθεσία, μέσα σε μια καταπράσινη κοιλάδα στους νότιους πρόποδες του Ψηλορείτη και καλύπτει μια έκταση 1000 περίπου στρεμμάτων και χωρητικότητας 20 εκατομμυρίων κυβικών μέτρων.
Η τεχνητή λίμνη Μπραμιανών κατασκευάστηκε το 1986 για να καλύψει τις ανάγκες καλλιέργειας 30.000 στρεμμάτων της Ιεράπετρας. Βρίσκεται 5 χλμ βορειοδυτικά από την πόλη, στο δρόμο που ενώνει την Ιεράπετρα με την Καλαμαύκα., κοντά στα Μπραμιανά.
Η Λίμνη στου Διγενή το Μνήμα, δίπλα στη λιμνοδεξαμενή της Γέργερης, είναι μια ιδιαίτερη περίπτωση εποχιακού υγρότοπου, που συγκεντρώνει νερό το χειμώνα και ξεραίνεται το καλοκαίρι. Η φυσική κοιλότητα όπου βρίσκεται, και έχει τη μορφή ανάποδου κώνου, αποτελεί ένα ξεχωριστό γεώτοπο.
Η μικρή αυτή φυσική λίμνη σχηματίζεται το χειμώνα από τα νερά των πηγών της περιοχής που μεταφέρονται από τις χιονισμένες κορφές του Κέντρου. Σχηματίζεται σε ένα μικρό βαθούλωμα της γης έκτασης περίπου 10 στρεμμάτων, περιτριγυρισμένο από ελαιώνες. Το καλοκαίρι η περιοχή ξηραίνεται.
Το φράγμα Βαλσαμιώτη βρίσκεται κοντά στον Βατόλακκο Κισάμου και έχει χωρητικότητα 6 εκατομμύρια κυβικά. Εγκαινιάστηκε το 2014 και είναι πλέον ένας από τους σπουδαιότερους υδροβιότοπους της Δυτικής Κρήτης.
Μέσα σε ένα από τα ωραιότερα τοπία της Κρήτης σχηματίζεται η μικρή τεχνητή λίμνη της Σκάφης, 3km νοτιοδυτικά του καταπράσινου χωριού Ορεινού Θρυπτής. Τριγύρω η περιοχή είναι πνιγμένη στα πεύκα, κάνοντας το τοπίο πραγματικά να μην θυμίζει σε καμιά περίπτωση Κρήτη.
Το φράγμα Ινίου – Μαχαιράς βρίσκεται σε απόσταση 38 χλμ νότια του Ηρακλείου, και δίπλα στα χωριά Μαχαιρά και Ίνι. Κατασκευάστηκε το 2004 και έχει χωρητικότητα 1.750.000 κυβικά μέτρα. 300μ. νοτιοανατολικά του Ινίου βρίσκεται και το μικρό φράγμα της Κεράς.
Λίγο πάνω και νότια του χωριού Αχεντριάς (Οχεντριάς, το χωριό με τις όχεντρες) Ηρακλείου βρίσκεται η λίμνη του Τούρκου ο Λάκκος ή Κολυμπάς. Πρόκειται για τη μόνη φυσική λίμνη σε όλη την οροσειρά των Αστερουσίων και αποτελεί σημαντικό βιότοπο. Σε αρκετά μεγάλο υψόμετρο, δημιουργείται σε ένα μικρό κοίλωμα γης που δημιουργεί ο φλύσχης των Αστερουσίων.
