Η Κρήτη δεν διαθέτει πολλές μεγάλες φυσικές λίμνες, φιλοξενεί όμως σημαντική ποικιλία υγροτοπικών σχηματισμών, όπως μόνιμες και εποχικές λίμνες, μικρά τέλματα, πηγές, λιμνοδεξαμενές και τεχνητούς ταμιευτήρες. Οι βροχοπτώσεις παρουσιάζουν μεγάλες διαφορές από περιοχή σε περιοχή και συγκεντρώνονται κυρίως στους χειμερινούς μήνες και στα ορεινά. Εξαιτίας της καρστικής γεωλογίας του νησιού, σημαντικές ποσότητες νερού διεισδύουν στο υπέδαφος και τροφοδοτούν υπόγειους υδροφορείς και πηγές, ενώ μέρος τους καταλήγει στη θάλασσα.

Η μεγαλύτερη φυσική λίμνη γλυκού νερού της Κρήτης είναι η λίμνη Κουρνά στον Αποκόρωνα. Μικρότεροι φυσικοί ή εποχικοί λιμναίοι σχηματισμοί υπάρχουν στον Τερσανά, στον Μοχό, στο Θραψανό, στη Ζίρο, στον Ομαλό Βιάννου, στον Αχεντριά και στη λίμνη του Διγενή κοντά στη Γέργερη, και άλλες. Οι περισσότερες εποχικές λίμνες γεμίζουν κατά τους βροχερούς μήνες και συρρικνώνονται ή αποξηραίνονται το καλοκαίρι, δημιουργώντας ιδιαίτερα και ευαίσθητα οικοσυστήματα.

Για την ύδρευση, την άρδευση και την αποθήκευση νερού έχουν κατασκευαστεί στην Κρήτη φράγματα και τεχνητοί ταμιευτήρες. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν η λίμνη της Αγυιάς, η λίμνη Βοτόμου στον Ζαρό και οι ταμιευτήρες των Μπραμιανών, του Αποσελέμη, της Φανερωμένης και των Ποταμών. Παρότι δημιουργήθηκαν από ανθρώπινες παρεμβάσεις, αρκετοί από αυτούς εξελίχθηκαν σε σημαντικούς υγροτόπους, προσφέροντας καταφύγιο σε υδρόβια και μεταναστευτικά πουλιά, αμφίβια και άλλα είδη πανίδας. Η προστασία τόσο των φυσικών λιμνών και των εποχικών τελμάτων όσο και των τεχνητών υγροτόπων είναι σημαντική, καθώς απειλούνται από τη ρύπανση, τις αυθαίρετες επεμβάσεις, την υπεράντληση και τις παρατεταμένες περιόδους ξηρασίας.