Μεταξύ 824 και 827 μ.Χ., Ανδαλουσιανοί μουσουλμάνοι εξόριστοι, οι οποίοι είχαν προηγουμένως καταλάβει και εγκατασταθεί στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου, κατέλαβαν σταδιακά την Κρήτη. Αρχηγός τους ήταν ο Αμπού Χαφς Ομάρ, γνωστός στις βυζαντινές πηγές ως Απόχαψις. Στο νησί ίδρυσαν ένα ουσιαστικά αυτόνομο μουσουλμανικό κράτος, γνωστό ως Εμιράτο της Κρήτης, το οποίο διατηρήθηκε έως τη βυζαντινή ανακατάληψη του 961.

Οι νέοι κυρίαρχοι ίδρυσαν και οχύρωσαν στη βόρεια ακτή την πόλη του Χάνδακα, στη θέση του σημερινού Ηρακλείου. Η ονομασία προερχόταν από την αραβική λέξη al-khandaq, δηλαδή τάφρος, λόγω της μεγάλης αμυντικής τάφρου που περιέβαλλε τις οχυρώσεις. Ο Χάνδακας εξελίχθηκε στην πρωτεύουσα του εμιράτου, σε σημαντικό εμπορικό λιμάνι και σε ισχυρή ναυτική βάση στην Ανατολική Μεσόγειο.

Από την Κρήτη πραγματοποιούνταν επιδρομές εναντίον νησιών, πλοίων και παράκτιων περιοχών του Βυζαντίου. Το θαλάσσιο εμπόριο, η πειρατεία και η διακίνηση αιχμαλώτων, πολλοί από τους οποίους πωλούνταν ως δούλοι, αποτελούσαν σημαντικές πηγές πλούτου για το εμιράτο. Παράλληλα, η στρατηγική θέση του νησιού πάνω στους θαλάσσιους δρόμους της Μεσογείου ενίσχυσε τις εμπορικές του σχέσεις με την Αίγυπτο, τη Βόρεια Αφρική και τον υπόλοιπο ισλαμικό κόσμο.

Η απώλεια της Κρήτης αποτέλεσε σοβαρό στρατηγικό πρόβλημα για τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία, καθώς το νησί χρησιμοποιούνταν ως βάση επιδρομών στο Αιγαίο. Οι Βυζαντινοί οργάνωσαν επανειλημμένες εκστρατείες για την ανακατάληψή του, αλλά οι περισσότερες απέτυχαν. Μία από τις μεγαλύτερες αποτυχημένες προσπάθειες πραγματοποιήθηκε το 949.

Το 960 ξεκίνησε νέα μεγάλη εκστρατεία υπό τον στρατηγό Νικηφόρο Φωκά, ο οποίος αργότερα έγινε αυτοκράτορας. Ο βυζαντινός στρατός αποβιβάστηκε στην Κρήτη και πολιόρκησε τον Χάνδακα επί πολλούς μήνες. Η πόλη καταλήφθηκε τον Μάρτιο του 961, το Εμιράτο της Κρήτης έπαψε να υπάρχει και το νησί εντάχθηκε ξανά στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία.