Όπως σε όλη την Ελλάδα, έτσι και στην Κρήτη, με αφορμή τις εορτές των αγίων της Ορθόδοξης Χριστιανικής Εκκλησίας, διοργανώνονται πολλά τοπικά πανηγύρια στα χωριά και στις πόλεις του νησιού, ιδιαίτερα κατά τους θερινούς μήνες. Παράλληλα με τη θρησκευτική και προσκυνηματική τους σημασία, τα πανηγύρια αποτελούν αφορμή συνάντησης των κατοίκων και συμβάλλουν στη διατήρηση των τοπικών εθίμων και παραδόσεων. Μετά τη Θεία Λειτουργία και τις υπόλοιπες λατρευτικές εκδηλώσεις, ο εορτασμός συχνά μεταφέρεται στην πλατεία του χωριού, όπου ακολουθεί γλέντι με μουσική και χορό μέχρι τις πρώτες πρωινές ώρες.

Ένα από τα πιο αξιόλογα θρησκευτικά έθιμα της Κρήτης είναι η αναπαράσταση της Γέννησης του Χριστού την παραμονή των Χριστουγέννων στο σπήλαιο της Μαραθοκεφάλας, με τη συμμετοχή ανθρώπων και ζώων σε ένα σκηνικό που θυμίζει αληθινή φάτνη. Στο Μαρμακέτο του Οροπεδίου Λασιθίου, σύμφωνα με την τοπική παράδοση, οι αποξηραμένες άγριες ορχιδέες που έχουν στολίσει τον Επιτάφιο τη Μεγάλη Παρασκευή φυλάσσονται στον ναό και ανθίζουν ξανά κατά την εορτή του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις 8 Μαΐου. Στον Άγιο Θωμά και σε περιοχές των Αστερουσίων, οι πιστοί εφαρμόζουν το έθιμο με το ζώσιμο των ναών με κερωμένο σχοινί, για να κρατήσουν το κακό μακριά, αναβιώνοντας πανάρχαιες δοξασίες.

Οι Απόκριες αποτελούν μεγάλη γιορτή σε ολόκληρη την Κρήτη, με δεκάδες έθιμα που έχουν τις ρίζες τους στο μακρινό παρελθόν. Τα Αποκριγιώματα στη Γέργερη, η Μάσκα του Σίβα, το έθιμο της Καμήλας και πολλά ακόμη δρώμενα αναβιώνουν τα τελευταία χρόνια, στο πλαίσιο της προσπάθειας των τοπικών κοινωνιών να διαφυλάξουν την άυλη πολιτιστική τους κληρονομιά.

Έθιμα με ρίζες στα βάθη των αιώνων και με σκοπό την ίαση ή την προστασία των πιστών παραμένουν ζωντανά. Στα Σφακιά προσφέρονται στην εκκλησία τα ζυμαρένια ανθρωπάκια του Αγίου Αντωνίου, με την προσδοκία θεραπείας κάποιας ασθένειας, ενώ στον Ψηλορείτη ανθρωπόμορφοι άρτοι, τα λαζαρόψωμα, προσφέρονται σε μνημόσυνα. Παλαιότερα, στο πανηγύρι της Αγίας Πελαγίας, οι πιστοί έθαβαν στην άμμο της παραλίας τα μέλη του σώματός τους που πονούσαν, πιστεύοντας ότι έτσι θα θεραπεύονταν. Στον Άγιο Φανούριο Αχλαδέ, αφού περάσουν από το άνοιγμα ενός βράχου, αφήνουν ρούχα ή προσωπικά αντικείμενα πάνω σε μια ιερή κοκορεβυθιά, ως τάμα για υγεία και προστασία.

Κατά την περίοδο του Πάσχα αναβιώνουν μερικά από τα πιο ιδιαίτερα έθιμα του νησιού, όπως ο πλειστηριασμός του Σταυρού, το πέρασμα των προβάτων κάτω από τον Επιτάφιο, το κάψιμο του Ιούδα με τη μεγάλη φουρνάρα, η μεταφορά του Αγίου Φωτός στο σπίτι από πιστούς που παραμένουν σιωπηλοί και η τοποθέτηση κόκκινων αυγών στους τάφους. Στην Ασή Γωνιά και στην Καρωτή Ρεθύμνου, κατά την εορτή του Αγίου Γεωργίου, οι κτηνοτρόφοι οδηγούν τα κοπάδια τους στην εκκλησία για να τα ευλογήσει ο ιερέας. Στη συνέχεια αρμέγουν τα ζώα και μοιράζουν το γάλα στους πιστούς.

Ο Κλήδονας εορτάζεται στις 24 Ιουνίου, κατά την εορτή του Γενεθλίου του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, με φωτιές και μαντικά έθιμα. Κατά την εορτή της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος, οι πιστοί προσφέρουν στην εκκλησία τα πρώτα ή τα πιο ώριμα σταφύλια, για να ευλογηθούν τα αμπέλια τους. Την ίδια ημέρα, στην κορυφή του Αφέντη της Δίκτης, ορισμένοι πιστοί σκαλίζουν το χώμα γύρω από τον ναό αναζητώντας παλιά νομίσματα, τα οποία θεωρούν ισχυρά φυλακτά. Στις 3 Νοεμβρίου, κατά την εορτή του Αγίου Γεωργίου του Μεθυστή, ανοίγονται παραδοσιακά τα βαρέλια με το νέο κρασί.