Neben dem modernen Hafen von Heraklion liegt der kleine, malerische venezianische Hafen, der heute als Marina genutzt wird. An seiner Einfahrt erhebt sich die imposante Rocca a Mare oder Koules-Festung, die einst den Hafen schützte und heute zu den bekanntesten Wahrzeichen der Stadt gehört.

Neben der Koules-Festung beginnt die etwa zwei Kilometer lange Mole des modernen Hafens. Sie gehört zu den beliebtesten Orten in Heraklion zum Spazierengehen, Joggen und Angeln und bietet einen weiten Blick auf die Stadt, den alten Hafen und das Kretische Meer.

Gegenüber der Koules-Festung stand auf dem heutigen Marina-Pier bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts eine kleinere Festung, die als Kleine Koules bekannt war. Sie schützte die gegenüberliegende Seite der Hafeneinfahrt, wurde jedoch beim Bau und bei der Erweiterung des modernen Hafens abgerissen.

Entlang der Küstenstraße sind noch Teile der gewölbten venezianischen Schiffswerften erhalten. In diesen langgestreckten Gebäuden wurden Schiffe gebaut, repariert und untergebracht. Neben den Großen Werften befindet sich die venezianische Zane-Zisterne, während zwischen den größeren und kleineren Werftanlagen einst das Salzlager stand.

Die ersten umfangreichen Hafenanlagen entstanden während des Emirats von Kreta im 9. und 10. Jahrhundert, als Chandax ein wichtiger Stützpunkt der arabischen Flotte war. Nach der byzantinischen Rückeroberung im Jahr 961 diente der Hafen weiterhin der befestigten Stadt und den Seeverbindungen Kretas.

Seine größte Blüte erlebte der Hafen während der venezianischen Herrschaft. Candia, wie Heraklion damals genannt wurde, entwickelte sich zu einem der wichtigsten Handels- und Flottenstützpunkte Venedigs im östlichen Mittelmeer. In den Werften wurden venezianische Galeeren gewartet, während rund um das Hafenbecken Lagerhäuser, Werkstätten und militärische Einrichtungen betrieben wurden.

Historischen Beschreibungen zufolge konnte der Hafen im 17. Jahrhundert bis zu fünfzig Galeeren aufnehmen. Seine Einfahrt wurde von der Koules-Festung und der Kleinen Koules geschützt und konnte besonders in Kriegszeiten und während des Kretischen Krieges mit einer großen Metallkette verschlossen werden.

Vom Hafen Candias wurden zahlreiche kretische Erzeugnisse nach Venedig und auf andere europäische Märkte ausgeführt. Zu ihnen gehörten der berühmte Malvasia-Wein, Salz aus den Salinen der Insel und besonders aus der Gegend von Elounda sowie Honig, Käse, Bienenwachs, Seide, Rosinen, Baumwolle und Olivenöl. Die Herstellung und der Handel mit Salz wurden von Venedig streng kontrolliert, da sie eine wichtige Einnahmequelle darstellten.

Nach der osmanischen Eroberung Candias im Jahr 1669 blieb der Hafen in Betrieb und seine Befestigungen wurden bei Bedarf instand gesetzt. Im 20. Jahrhundert veränderten jedoch der Bau der Küstenstraße und des neuen modernen Hafens das historische Erscheinungsbild des Gebietes erheblich.

Große Teile der venezianischen Werften wurden ebenso abgerissen wie die Kleine Koules. Auch das Molentor, das am Beginn der heutigen Straße des 25. August stand und die Verbindung zwischen der Stadt und dem Hafen kontrollierte, wurde zerstört. Trotz dieser umfangreichen Eingriffe ist der venezianische Hafen bis heute eines der bedeutendsten historischen Wahrzeichen Heraklions.