Als jahrhundertelange Hauptstadt Kretas entwickelte sich Heraklion zu einem bedeutenden religiösen Zentrum mit zahlreichen Kirchen, Klöstern und Frauenkonventen. Besonders während der venezianischen Herrschaft entstanden in Candia orthodoxe und katholische Kirchen, Klöster verschiedener Ordensgemeinschaften und bedeutende kirchliche Bildungseinrichtungen.

Während der zweiten byzantinischen Periode war die Kirche des Heiligen Titus Sitz des orthodoxen Erzbischofs von Kreta. Nach der Ankunft der Venezianer wurde sie zur katholischen Kathedrale und zum Sitz des lateinischen Erzbischofs. Das heutige Gebäude wurde während der osmanischen Zeit als Moschee errichtet und nach dem Bevölkerungsaustausch wieder dem christlichen Gottesdienst übergeben.

Die Heilige Katharina vom Sinai war ein bedeutendes Zentrum der Bildung und kirchlichen Kunst. Während der venezianischen Herrschaft bestand hier eine angesehene Schule, an der Theologie, Philosophie, antike griechische Literatur und Malerei gelehrt wurden. Heute beherbergt die Kirche die Byzantinische Sammlung der Erzdiözese Kreta mit bedeutenden Ikonen, kirchlichen Kostbarkeiten und Werken der Kretischen Schule der Ikonenmalerei.

Zu den weiteren wichtigen religiösen Monumenten gehören die Markusbasilika, die einst als venezianische Kathedrale diente, die Kirche der Heiligen Peter und Paul des ehemaligen Dominikanerklosters, die kleine Kirche des Heiligen Minas und der Pantanassa sowie die neuere Kathedrale des Heiligen Minas, eine der größten Kirchen Kretas.

Nach der osmanischen Eroberung Candias im Jahr 1669 wurden viele christliche Kirchen in Moscheen umgewandelt und die Gebäude ehemaliger Klöster für andere Zwecke genutzt. Einige dieser Monumente wurden nach dem Wegzug der muslimischen Bevölkerung wieder dem christlichen Gottesdienst übergeben, während andere heute als Museen oder Kulturstätten dienen.

Viele bedeutende religiöse Gebäude sind nicht erhalten geblieben. Besonders in den ersten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts wurden alte Kirchen, Minarette und Klosterreste im Zuge der Erweiterung und Modernisierung der Stadt abgerissen. Die heute erhaltenen Monumente sind wertvolle Zeugnisse der byzantinischen, venezianischen und osmanischen Geschichte Heraklions.

Heraklion ist heute Sitz der Erzdiözese Kreta. Die Kirche von Kreta besitzt einen halbautonomen Status und untersteht kirchenrechtlich dem Ökumenischen Patriarchat von Konstantinopel.