Als größte Stadt und Verwaltungszentrum Kretas beherbergt Heraklion einige der bedeutendsten Museen der Insel. Ihre Sammlungen umfassen nahezu die gesamte Geschichte und Natur Kretas, von der minoischen und byzantinischen Zeit bis zur modernen Geschichte und zum Naturerbe des östlichen Mittelmeerraums.

Das Archäologische Museum von Heraklion beherbergt die weltweit bedeutendste Sammlung von Fundstücken der minoischen Kultur sowie Exponate von der Jungsteinzeit bis zur römischen Epoche. Das Historische Museum von Kreta stellt die Geschichte der Insel von den frühchristlichen Jahrhunderten bis zur Neuzeit dar. Seine Sammlungen behandeln unter anderem die venezianische und osmanische Herrschaft, die kretischen Aufstände und den Zweiten Weltkrieg.

Das Naturhistorische Museum von Kreta präsentiert die Ökosysteme, die Geologie und die Artenvielfalt Kretas und des östlichen Mittelmeerraums. Besonders sehenswert ist außerdem die Byzantinische Sammlung der Heiligen Katharina vom Sinai. Sie befindet sich in der historischen venezianischen Kirche neben der Kathedrale des Heiligen Minas und umfasst Ikonen, kirchliche Reliquien, Handschriften und weitere Werke religiöser Kunst.

In Heraklion gibt es zudem mehrere bedeutende Kunst- und Ausstellungsräume. Die Markusbasilika beherbergt die Städtische Kunstgalerie von Heraklion, während das Museum für Bildende Kunst von Heraklion vor allem Werke moderner kretischer Künstler präsentiert. Zusammen mit kleineren Sammlungen und Kulturstätten ermöglichen diese Museen einen umfassenden Einblick in die Geschichte, Kunst und Natur Kretas.