Nach der Befreiung von Kreta durch Nicephorus Phocas von den Arabern im Jahre 961 n.Chr. folgte eine Zeit der kulturellen Renaissance, die sich durch die Denkmäler der Zeit widerspiegelt und die während der venezianischen Herrschaft fortgesetzt wurde. Die meisten großen und kleinen Klöster, die heute operieren, wurden in dieser Zeit gegründet. Abgesehen von religiösen Bedürfnissen, spielten die meisten von ihnen eine wichtige Rolle bei den Kämpfen der Kreter für die Befreiung, vor allem nach der Eroberung von Kreta durch die Osmanen. Die Kloster waren die einzigen Orte, an denen die Christen Schutz finden und ihre militärischen Operationen organisieren konnten. Verdächtig für die unterstützende Aktion der Mönche, zerstörten die Osmanen mehrere Klöster, die als revolutionäre Zentren fungierten. Noch heute bewundern die Besucher die Geschichte des Holocaust des Arkadi-Klosters im Jahre 1866. Dann entschlossen sich die belagerten Christen, das Pulverfässer zu sprengen, um sich nicht den Osmanen zu ergeben. Alle Klöster dieser Zeit haben ähnliche Geschichten erzählt.

Mit der Ankunft des Heiligen Johannes des Eremiten auf Kreta begann eine große Tradition der Askese, die sich bis in die Gegenwart fortsetzt. Hunderte von Eremiten zogen sich in die abgelegensten Teile der Insel zurück und bildeten asketische Gemeinschaften, die sich später zu florierenden Klöstern entwickelten. Ein besonderes Beispiel der Einsiedelei ist das Kloster Katholiko am Kap Akrotiri, wo Eremiten in den Höhlen weit weg von weltlichen Vergnügungen ihrem klösterlichen Leben nachgingen. Ebenso wichtig waren die religiösen Stätten der abgelegenen Halbinseln Gramvousa und Rodopos, wo mehrere kleine Klöster entstanden. Die größte aller Einsiedeleien bildete das natürlich isolierte, unwegsame Asterousia-Gebirge im Süden Heraklions. In Hunderten von Höhlen von Agios Nikitas bis zum Kap Lithino leben noch immer Eremiten. Der Kontakt unter ihnen war so eingeschränkt, dass sie sich nur einmal im Jahr in Agiofarago und Martsalo in der Höhle Goumenospilio trafen und zählten, wie viele von ihnen das Jahr jeweils überlebt hatten. Im Osten Kretas, in der nördlichen Provinz Mirabello, befindet sich das größte Gebiet der Askese mit Dutzenden von kleinen klösterlichen Einrichtungen. Hier gründeten Eremiten kleine Klöster, wo sie für gewöhnlich allein lebten.

Wie überall in Griechenland werden auch auf Kreta an den Festtagen der Heiligen der orthodoxen Kirche zahlreiche örtliche Feste, die sogenannten Panigyria, veranstaltet. Sie finden in den Dörfern und Städten der Insel statt, besonders während der Sommermonate. Neben ihrer religiösen Bedeutung als Wallfahrtsfeste bringen sie die örtlichen Gemeinschaften zusammen und tragen zur Bewahrung der Bräuche und Traditionen Kretas bei. Nach der Göttlichen Liturgie und den weiteren kirchlichen Feierlichkeiten wird das Fest häufig auf dem Dorfplatz fortgesetzt, wo Musik und Tanz bis in die frühen Morgenstunden dauern. Zu den bemerkenswertesten religiösen Bräuchen Kretas gehört die Nachstellung der Geburt Christi am Heiligabend in der Höhle von Marathokefala. Menschen und Tiere schaffen dort die Atmosphäre einer lebendigen Weihnachtskrippe. In Marmaketo auf der Lassithi-Hochebene werden der örtlichen Überlieferung zufolge die getrockneten wilden Orchideen aufbewahrt, die am Karfreitag die blumengeschmückte Epitaphios-Bahre geschmückt haben. Während des Festes des Heiligen Johannes des Theologen am 8. Mai sollen sie erneut erblühen. In Agios Thomas und in Teilen des Asterousia-Gebirges werden Kirchen mit einer gewachsten Schnur umspannt, um das Böse fernzuhalten – ein Brauch mit sehr alten Wurzeln. Auch die Karnevalszeit wird auf ganz Kreta ausgiebig gefeiert. Zahlreiche Bräuche reichen weit in die Vergangenheit zurück. Die Apokrygiomata von Gergeri, die Maske von Sivas, der Kamelbrauch und viele weitere traditionelle Darbietungen werden in den letzten Jahren wiederbelebt, damit dieses immaterielle Kulturerbe nicht in Vergessenheit gerät. Bis heute sind außerdem Bräuche lebendig, die nach dem Volksglauben Heilung oder Schutz bringen sollen. In Sfakia bringen Gläubige dem Heiligen Antonius kleine menschenförmige Figuren aus Teig dar, in der Hoffnung auf Genesung. Auf dem Psiloritis werden bei Totengedenkfeiern menschenförmige Brote, die sogenannten Lazaropsoma, geopfert. Früher vergruben Gläubige während des Festes von Agia Pelagia schmerzende Körperteile im Sand des Strandes, da sie sich davon Heilung versprachen. Beim Heiligtum des Heiligen Fanourios in Ahlade durchqueren Besucher eine Öffnung im Felsen und hängen anschließend Kleidungsstücke oder persönliche Gegenstände an eine heilige Terebinthe, als Votivgabe für Gesundheit und Schutz. Während der Osterzeit werden einige der außergewöhnlichsten Bräuche der Insel gepflegt. Dazu gehören die Versteigerung des Kreuzes, das Hindurchführen von Schafen unter der blumengeschmückten Epitaphios-Bahre, die Verbrennung des Judas auf einem großen Scheiterhaufen, das schweigende Heimtragen des Heiligen Lichtes und das Ablegen roter Eier auf den Gräbern. In Asi Gonia und Karoti in der Region Rethymno führen die Hirten am Fest des Heiligen Georg ihre Herden zur Kirche, wo sie vom Priester gesegnet werden. Anschließend werden die Tiere gemolken und die Milch wird an die Gläubigen verteilt. Der Brauch des Klidonas wird am 24. Juni, dem Fest der Geburt Johannes des Täufers, mit Feuern und traditionellen Orakelbräuchen gefeiert. Am Fest der Verklärung Christi bringen die Gläubigen die ersten oder reifsten Weintrauben in die Kirche, damit ihre Weinberge gesegnet werden. Am selben Tag suchen einige Pilger auf dem Gipfel Afendis im Dikti-Gebirge im Boden rund um die Kirche nach alten Münzen, die als mächtige Glücksbringer gelten. Am 3. November, dem Fest des Heiligen Georg „Methystis“, dessen Beiname „der Betrunkene“ beziehungsweise „der Betrunkenmachende“ bedeutet, werden traditionell die Fässer mit dem neuen Wein geöffnet.

Kreta kann mit Recht als ein weitläufiger byzantinischer Park bezeichnet werden, denn auf der Insel befinden sich Hunderte Kirchen mit bedeutenden Wandmalereien. Die meisten Fresken entstanden während der venezianischen Herrschaft, als die byzantinische religiöse Tradition auf Kreta fortbestand und allmählich künstlerische Einflüsse aus dem Westen aufnahm. Gemeinsam veranschaulichen diese Denkmäler die Entwicklung der kirchlichen Malerei von der frühbyzantinischen Zeit bis zur berühmten Kretischen Schule der Ikonenmalerei. In ganzen Regionen Kretas, besonders in den historischen Provinzen Kissamos, Selino und Pediada, ist eine außergewöhnlich große Zahl freskengeschmückter Kirchen erhalten geblieben. Bei vielen handelt es sich um kleine einschiffige Kapellen auf dem Land, deren schlichtes Äußeres kaum erahnen lässt, welche Kunstschätze sich in ihrem Inneren verbergen. Ihre Wände zeigen Szenen aus dem Leben Christi und der Gottesmutter, Heilige und Kirchenväter, Darstellungen des Jüngsten Gerichts und mitunter seltene Episoden aus dem Leben des jeweiligen Schutzheiligen. In Gebieten wie der ehemaligen Provinz Temenos rund um Candia sind weniger freskengeschmückte Kirchen erhalten. Langwierige kriegerische Auseinandersetzungen, wiederholte Zerstörungen und die große osmanische Belagerung der Stadt verursachten schwere Schäden an Kirchen und Siedlungen. In anderen Teilen Kretas blieben Wandmalereien unter Putz- oder Kalkschichten verborgen, die sie teilweise vor Zerstörung, Rauch, Feuchtigkeit und dem natürlichen Verfall bewahrten. Der Umfang dieses künstlerischen Erbes ist beeindruckend. Im Topografischen Verzeichnis der freskengeschmückten Kirchen Kretas, das der italienische Archäologe und Forscher Giuseppe Gerola zu Beginn des 20. Jahrhunderts zusammenstellte, werden mehr als 800 Kirchen mit Wandmalereien erwähnt. Viele von ihnen liegen verstreut in der kretischen Landschaft und bilden zusammen eine der reichsten Sammlungen mittelalterlicher Kirchenmalerei im gesamten Mittelmeerraum.