Am 28. Oktober 1940 griff das faschistische Italien Griechenland vom besetzten Albanien aus an. Die griechische Armee schlug die italienischen Truppen zurück und rückte nach Nordepirus vor. Am 6. April 1941 begann jedoch der Angriff des nationalsozialistischen Deutschlands auf Griechenland über Bulgarien und Jugoslawien. Der deutsche Vormarsch zwang die britischen, australischen und neuseeländischen Truppen auf dem griechischen Festland zum Rückzug. Viele von ihnen wurden auf dem Seeweg nach Kreta gebracht, während andere nach Ägypten evakuiert wurden.

Durch seine strategische Lage im östlichen Mittelmeer und seine bedeutenden Häfen war Kreta ein wertvoller Stützpunkt für die britische Royal Navy. Von der Insel aus konnten die Alliierten die Schifffahrtswege und Verbindungen der Achsenmächte bedrohen. Gleichzeitig konnten die kretischen Flugplätze theoretisch für Angriffe auf die für die deutsche Kriegsführung wichtigen Erdölanlagen von Ploieşti in Rumänien genutzt werden.

Nach der Besetzung des griechischen Festlands beschlossen die Deutschen, auch Kreta einzunehmen, um die Nutzung der Insel als alliierte Basis zu verhindern und ihre Kontrolle über das südöstliche Mittelmeer zu stärken. Die Überlegenheit der britischen Marine machte eine konventionelle Landung großen Umfangs äußerst gefährlich. Daher wurde das Unternehmen Merkur geplant, die bis dahin größte Luftlandeoperation der Geschichte.

Am Morgen des 20. Mai 1941 landeten Tausende deutsche Fallschirmjäger und mit Lastenseglern transportierte Soldaten an strategisch wichtigen Punkten im Norden Kretas. Ihnen standen britische, australische, neuseeländische und griechische Truppen sowie zahlreiche kretische Freiwillige gegenüber, die sich spontan an der Verteidigung ihrer Insel beteiligten.

Die wichtigsten deutschen Ziele waren die Flugplätze von Maleme, Rethymno und Heraklion sowie der Hafen in der Souda-Bucht. Am ersten Angriffstag gelang es den Deutschen nicht, eines ihrer Hauptziele vollständig zu sichern, während besonders die Fallschirmjägereinheiten sehr hohe Verluste erlitten. Die Einnahme des Flugplatzes von Maleme am folgenden Tag ermöglichte jedoch die ununterbrochene Einfliegung von Verstärkungen und schwererer Ausrüstung und veränderte damit den Verlauf der Schlacht.

Die Deutschen versuchten außerdem, Verstärkungen auf dem Seeweg nach Kreta zu bringen. Die meisten der dafür eingesetzten kleinen Schiffe und Kaikis wurden jedoch von der britischen Royal Navy abgefangen. Trotz ihrer Überlegenheit auf See erlitt die britische Flotte durch die ständigen Angriffe deutscher Flugzeuge schwere Verluste. Während der Operationen um Kreta wurden drei Kreuzer und sechs Zerstörer versenkt, zahlreiche weitere Kriegsschiffe schwer beschädigt und fast 2.000 Seeleute getötet.

Nach tagelangen erbitterten Kämpfen mussten sich die alliierten Verbände zur Südküste zurückziehen. Zwischen dem 22. Mai und dem 1. Juni 1941 wurden etwa 16.500–18.000 Soldaten, vor allem von Sfakia und Heraklion aus, nach Ägypten evakuiert. Tausende weitere konnten die Insel nicht verlassen und gerieten in Gefangenschaft. Am 1. Juni endete der organisierte alliierte Widerstand und Kreta kam unter die Besatzung der Achsenmächte.

Der deutsche Sieg wurde mit außerordentlich hohen Verlusten erkauft. Die genauen Zahlen unterscheiden sich je nach Quelle, doch die gesamten deutschen Verluste werden gewöhnlich auf etwa 6.000–7.000 Tote, Verwundete und Vermisste geschätzt. Rund 4.000 von ihnen werden als gefallen oder vermisst geführt. Die Streitkräfte des britischen Commonwealth verloren ungefähr 1.750 Tote und mehr als 2.200 Verwundete, während über 11.000 Soldaten in Gefangenschaft gerieten. Die griechischen militärischen und zivilen Verluste wurden nicht mit derselben Genauigkeit erfasst.

Nach der Schlacht kam der größte Teil Kretas unter deutsche Verwaltung. Der östliche Teil der Insel, vor allem die Präfektur Lassithi, wurde den italienischen Truppen überlassen. Nach dem italienischen Waffenstillstand im September 1943 geriet die gesamte Insel unter deutsche Kontrolle.

Während der Besatzungszeit entwickelte sich auf Kreta eine starke Widerstandsbewegung. Die Besatzungstruppen reagierten mit kollektiven Strafmaßnahmen und einer Terrorpolitik gegen die Zivilbevölkerung. Dutzende Dörfer wurden zerstört, Zivilisten hingerichtet, Klöster und archäologische Stätten geplündert und wichtige Teile der Infrastruktur vernichtet.

Die Erinnerung an die Opfer und die Forderung nach historischer Gerechtigkeit sind in Kontomari, Kandanos, Kakopetros, Kali Sykia, Viannos, Anogia, Vorizia, den Dörfern am Berg Kedros und in vielen weiteren Orten Kretas, die unter den Verbrechen der Besatzungszeit litten, bis heute lebendig.

Die Schlacht um Kreta war die erste groß angelegte Invasion, die hauptsächlich von Luftlandetruppen durchgeführt wurde. Die enormen Verluste veranlassten Hitler, auf eine weitere vergleichbare selbstständige Luftlandeoperation deutscher Truppen zu verzichten. Große Luftlandeoperationen wurden im weiteren Verlauf des Krieges jedoch von den Alliierten durchgeführt.