Im 17. Jahrhundert richtete das Osmanische Reich, das seine Macht über große Teile des östlichen Mittelmeerraums gefestigt hatte, sein Interesse auf weitere Eroberungen. Aufgrund seiner strategischen Lage und seiner bedeutenden Häfen wurde Kreta zu einem der wichtigsten Ziele der osmanischen Expansion.

Der Krieg um Kreta begann 1645 mit der Landung osmanischer Truppen im Westen der Insel. Nach schweren Kämpfen eroberten die Osmanen Chania im Jahr 1645 und Rethymno im Jahr 1646. Innerhalb kurzer Zeit brachten sie den größten Teil Kretas unter ihre Kontrolle.

Die letzte große venezianische Festung, das Große Kastell von Candia, blieb bis 1669 unter venezianischer Herrschaft. Nach einer mehr als zwanzigjährigen Belagerung wurde die Stadt den Osmanen übergeben. Der Fall Candias vollendete im Wesentlichen die osmanische Eroberung Kretas, obwohl einige Küstenfestungen und vorgelagerte Inseln noch mehrere Jahrzehnte in venezianischer Hand blieben.

Die neue Verwaltung brachte bedeutende politische, gesellschaftliche und wirtschaftliche Veränderungen mit sich. Hohe Steuern, die Ungleichbehandlung der Religionsgemeinschaften, die Willkür örtlicher Amtsträger und schwierige Lebensbedingungen führten immer wieder zu Unruhen. Gleichzeitig trat ein Teil der einheimischen Bevölkerung zum Islam über, sodass sich allmählich eine multireligiöse Gesellschaft mit christlichen und muslimischen Gemeinden entwickelte.

Der Beginn des griechischen Unabhängigkeitskrieges im Jahr 1821 weckte erneut die Hoffnung der Kreter auf Befreiung und führte zu jahrelangen Kämpfen auf der Insel. Von 1830 bis 1840 stand Kreta unter der ägyptischen Verwaltung Muhammad Alis, der die Osmanen militärisch bei der Niederschlagung des Aufstands unterstützt hatte. Im Jahr 1840 kam die Insel wieder unter die direkte Herrschaft des Osmanischen Reiches.

Zu den bedeutendsten Erhebungen gehörte die Große Kretische Revolution von 1866 bis 1869. Zu ihren entscheidenden Ereignissen zählten die Opferung im Kloster Arkadi sowie die schweren Kämpfe und Zerstörungen auf dem Lassithi-Plateau. Obwohl der Aufstand nicht unmittelbar zur Befreiung führte, erregte er großes internationales Aufsehen und stärkte die Unterstützung für den kretischen Freiheitskampf.

Ein weiterer Aufstand führte 1878 zum Pakt von Halepa, durch den Kreta bedeutende administrative und politische Vorrechte erhielt. Die schrittweise Einschränkung dieser Privilegien verursachte neue Unruhen und Erhebungen. Nach der Krise von 1897, erneuten Kämpfen und der Intervention der Großmächte zogen die letzten osmanischen Truppen 1898 von der Insel ab.

Im Dezember 1898 wurde unter dem Schutz der Großmächte der autonome Kretische Staat gegründet. Kreta blieb formell unter der Oberhoheit des osmanischen Sultans, erhielt jedoch eine eigene Regierung und Verwaltung. Der lange Kampf um die Vereinigung endete am 1. Dezember 1913, als Kreta offiziell mit Griechenland vereinigt wurde.

Die Belagerung von Candia, die von 1648 bis 1669 dauerte, gilt als eine der längsten Belagerungen der Weltgeschichte.