Το Ηράκλειο, ως η μεγαλύτερη πόλη και το διοικητικό κέντρο του νησιού, φιλοξενεί μερικά από τα σημαντικότερα μουσεία της Κρήτης. Οι συλλογές τους καλύπτουν ολόκληρη σχεδόν την ιστορία και το φυσικό περιβάλλον του νησιού, από τη Μινωική εποχή και τα βυζαντινά χρόνια έως τη σύγχρονη ιστορία και τη φυσική ιστορία της Ανατολικής Μεσογείου.

Στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου εκτίθεται η σημαντικότερη συλλογή αντικειμένων του Μινωικού Πολιτισμού στον κόσμο, μαζί με ευρήματα από τη Νεολιθική έως τη Ρωμαϊκή περίοδο. Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης παρουσιάζει την ιστορική πορεία του νησιού από τους πρώτους χριστιανικούς αιώνες έως τη σύγχρονη εποχή, με εκθέματα από την Ενετοκρατία, την Οθωμανική περίοδο, τις Κρητικές Επαναστάσεις και τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο.

Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης παρουσιάζει τα οικοσυστήματα, τη γεωλογία και τη βιοποικιλότητα της Κρήτης και της Ανατολικής Μεσογείου. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει επίσης η Βυζαντινή Συλλογή της Αγίας Αικατερίνης του Σινά, η οποία στεγάζεται στον ιστορικό ενετικό ναό δίπλα στον Άγιο Μηνά και περιλαμβάνει εικόνες, κειμήλια, χειρόγραφα και άλλα έργα εκκλησιαστικής τέχνης.

Στο Ηράκλειο λειτουργούν ακόμη σημαντικοί χώροι τέχνης με μόνιμες και περιοδικές εκθέσεις. Η Βασιλική του Αγίου Μάρκου στεγάζει τη Δημοτική Πινακοθήκη Ηρακλείου, ενώ το Μουσείο Εικαστικών Τεχνών Ηρακλείου παρουσιάζει κυρίως έργα σύγχρονων Κρητών καλλιτεχνών. Μαζί με μικρότερες συλλογές και πολιτιστικούς χώρους, τα μουσεία αυτά προσφέρουν μια ολοκληρωμένη γνωριμία με την ιστορία, την τέχνη και το φυσικό περιβάλλον της Κρήτης.