Η Κρήτη είναι απομονωμένη από τις υπόλοιπες ηπειρωτικές περιοχές της Ευρώπης, της Ασίας και της Αφρικής, γεγονός που αποτυπώνεται έντονα στην γεννετική διαφορετικότητα της πανίδας του νησιού. Από τον περήφανο Κρητικό αίγαγρο, τον Κρητικό αγριόγατο και την Κρητική μυγαλή, ως τα στενοενδημικά αρθρόποδα και τις νυχτερίδες της Κρήτης, η πανίδα της Κρήτης κρύβει πολλά μυστικά για την εξέλιξη των ειδών. Στη Κρήτη δεν υπάρχουν ζώα επικίνδυνα για τον άνθρωπο, όπως συμβαίνει στις υπόλοιπες περιοχές της Ηπειρωτικής Ελλάδας. Μάλιστα, οι πρόγονοί μας απέδιδαν στην Κρήτη την έλλειψη μεγάλων θηλαστικών -όπως αρκούδων, λύκων, τσακαλιών, αλλά και δηλητηριωδών φιδιών- στον άθλου του Ηρακλή (η σύλληψη του ταύρου της Κρήτης και η μεταφορά του στις Μυκήνες), ο οποίος ήθελε να τιμήσει έτσι τη γενέτειρα του Δία, γι` αυτό την καθάρισε από κάθε "βλαβερό" και "δηλητηριώδες" ζώο. Οι μεταγενέστεροι πίστευαν ότι το νησί το καθάρισε ο Απόστολος Παύλος, που έμεινε για δύο χρόνια στο νησί, με τους ξορκισμούς του και τις ευλογίες του.

Οι Ελληνικές θάλασσες είναι πλούσιες σε μεγάλα θηλαστικά, γεγονός άγνωστο στους περισσότερους Έλληνες, παρόλο που αναφέρονται σε πάρα πολλά αρχαία κείμενα. Μάλιστα η στενή σχέση των Κρητικών με τα δελφίνια φαίνεται ήδη από τα Μινωϊκά χρόνια, μέσα από τις εξαιρετικές τοιχογραφίες δελφινιών που βρέθηκαν στην αίθουσα της Βασίλισσας, στην Κνωσό. Τα θαλάσσια θηλαστικά διαφέρουν από τα ψάρια, στο ότι δεν έχουν βράγχια για να αναπνέουν, αλλά πνεύμονες. Εκτός από τη διάσημη απειλούμενη Μεσογειακή φώκια που ζει σε όλες σχεδόν τις ακτές της χώρας, στα βαθειά νερά ζουν φάλαινες, φυσητήρες, δελφίνια και φώκαινες. Αυτά είναι είτε μόνιμοι κάτοικοι Μεσογείου, είτε περιστασιακοί επισκέπτες. Ειδικά η περιοχή νότια της Κρήτης, η Ελληνική Τάφρος, φιλοξενεί πολλά από αυτά τα θηλαστικά.

Το κλίμα της Κρήτης είναι γενικά ξηρό και θερμό, με τα υδάτινα αποθέματα των λιμνών και των ποταμών της να στερεύουν μετά την άνοιξη. Ωστόσο οι λίγοι και περιορισμένοι βιότοποι αποτελούν καταφύγιο για τα λίγα είδη βατράχων και φρύνων που ζουν στο νησί. Σημαντικότερο είδος είναι ο Κρητικός βάτραχος (Pelophylax cretensis), το οποίο είναι ενδημικό της Κρήτης. Επίσης, στην Κρήτη υπάρχουν δεντροβάτραχοι (Hyla arborea) και πρασινόφρυνοι (Pseudepidalea viridis).

Η απομονωμένη Κρήτη φιλοξενεί ένα μεγάλο αριθμό ερπετών, όπως χελώνες, φίδια και σαύρες, με κανένα είδος από αυτά να είναι επικίνδυνο για τον άνθρωπο. Το μεγαλύτερο ερπετό είναι η θαλάσσια χελώνα καρέτα, η οποία αναπαράγεται στις απέραντες αμμουδιές του νησιού. Επίσης, ανάμεσα στα είδη σαύρας ξεχωρίζει το σιλιβούτι, το οποίο είναι το μοναδικό ενδημικό είδος ερπετού της Κρήτης.

Η Κρήτη βρίσκεται στο σταυροδρόμι τριών Ηπείρων, έχοντας ως αποτέλεσμα χιλιάδες μεταναστευτικά πουλιά να ξαποσταίνουν στους υδροβιότοπους του νησιού. Ωστόσο, υπάρχουν και μόνιμοι κάτοικοι, με σπουδαιότερους τα αρπακτικά πουλιά τα οποία φωλιάζουν στα βραχώδη βουνά και στα άγρια φαράγγια της Κρήτης. Μάλιστα, είναι χαρακτηριστικό ότι στα Αστερούσια Όρη υπάρχει ο μεγαλύτερος νησιωτικός πληθυσμός αρπακτικών πουλιών σε όλη την Ευρώπη, ενώ έχουν παρατηρηθεί περισσότερα από 412 είδη πουλιών (είτε περαστικά, είτε μόνιμα). Μάλιστα η παρατήρηση πουλιών στην Κρήτη είναι μια από τις πιο συνηθισμένες δραστηριότητες στο νησί. Επίσης, λόγω του μεγάλου αριθμού πτηνών, θα ήταν άστοχο να παρουσιάσουμε ένα-ένα όλα τα πουλιά, εκτός από τα σημαντικότερα.