Στους μεγάλους ορεινούς όγκους της Κρήτης λειτουργούν αρκετά ορειβατικά καταφύγια, τα οποία συντηρούνται κυρίως από τους ορειβατικούς συλλόγους του νησιού. Τα περισσότερα δεν λειτουργούν ως μόνιμα επανδρωμένοι ξενώνες και η διαμονή απαιτεί προηγούμενη επικοινωνία με τον σύλλογο ή τον υπεύθυνο του καταφυγίου.

Στα Λευκά Όρη βρίσκεται το γνωστότερο καταφύγιο της Κρήτης, το καταφύγιο Καλλέργη, σε υψόμετρο περίπου 1680μ. πάνω από το οροπέδιο του Ομαλού. Στον ίδιο ορεινό όγκο βρίσκονται το καταφύγιο στην Ταύρη, το καταφύγιο Βόλικα, σε υψόμετρο περίπου 1400μ., και το καταφύγιο Χουλιόπουλου στη Σβουριχτή, σε υψόμετρο περίπου 1950μ. Πάνω από το φαράγγι της Αγίας Ειρήνης βρίσκεται επίσης το καταφύγιο Γρελέσκας, το οποίο συνδέεται κυρίως με την προστασία και την παρακολούθηση της άγριας πανίδας.

Στον Ψηλορείτη λειτουργούν το καταφύγιο Τουμπωτού Πρίνου, το καταφύγιο Πρίνου πάνω από τις Άνω Ασίτες, το καταφύγιο Σαμάρι πάνω από τον Ζαρό και το καταφύγιο στον Λάκκο του Μιγερού. Από τον Λάκκο του Μιγερού ξεκινά μία από τις γνωστότερες διαδρομές ανάβασης προς την κορυφή του Τιμίου Σταυρού.

Στην οροσειρά της Δίκτης, κοντά στο οροπέδιο του Λιμνάκαρου, βρίσκεται το καταφύγιο Στροβίλι. Η περιοχή αποτελεί αφετηρία ορειβατικών διαδρομών προς τις ψηλότερες κορυφές της Δίκτης και συνδέεται με το ευρωπαϊκό μονοπάτι Ε4. Στη Θρυπτή υπάρχει επίσης το μικρό καταφύγιο του Αφέντη Σταυρωμένου.

Πριν από κάθε ανάβαση απαιτείται ενημέρωση για την κατάσταση του δρόμου ή του μονοπατιού, τις καιρικές συνθήκες και τη διαθεσιμότητα του καταφυγίου. Ιδιαίτερα κατά τον χειμώνα, οι συνθήκες στα κρητικά βουνά μπορούν να μεταβληθούν πολύ γρήγορα και η πρόσβαση ενδέχεται να απαιτεί κατάλληλο ορειβατικό εξοπλισμό.