Το έρημο σήμερα χωριό Σπαθαρικά, που ήταν υφαντικό κέντρο της περιοχής, βρίσκεται ανατολικά από τους Αποστόλους Αμαρίου και είχε ως κεντρικό ναό του τον Άγιο Σπυρίδωνα. Ο ναός αυτός, σε αντίθεση με τα κτίρια του χωριού που έχουν καταρρεύσει, σώζεται και φέρει τοιχογραφίες του 15ου αιώνα σε μέτρια κατάσταση.
Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου στον Καλαμά Μυλοποτάμου χρονολογείται στον 12ο αιώνα και είναι από τις εντυπωσιακότερες εκκλησίες του νομού Ρεθύμνης. Έχει ιδιαίτερη αρχιτεκτονική,καθώς είναι σταυροειδής με δύο νάρθηκες μπροστά και θόλο στο κέντρο του σταυρού, θυμίζοντας τρίκλιτη εκκλησία.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στην Ιεράπετρα είναι ο σημαντικότερος της πόλης και ο Άγιος Γεώργιος είναι πολιούχος της. Ο ναός είναι τρίκλιτος με τρούλο πάνω σε ψηλό τύμπανο και ακολουθεί τα αρχιτεκτονικά πρότυπα της Τουρκοκρατίας και θυμίζει αρκετά τον Άγιο Τίτο στο Ηράκλειο.
Ο ερειπωμένος ναός της Παναγίας στο χωριό Πατσός Αμαρίου είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Παναγίας. Η μεγαλοπρέπεια του οικοδομήματος και η υψηλή ποιότητα των υλικών κατασκευής και των σωζώμενων τοιχογραφιών, κατατάσσουν το ναό στους σημαντικότερους της Κρήτης.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου που δεσπόζει σήμερα στην αγροτική αυτή περιοχή περιτριγυρίζεται από ένα μεγάλο αριθμό ερειπωμένων κτισμάτων στα δυτικά του που πολύ πιθανόν να ήτανε απομεινάρια από κάποιο μεσαιωνικό οικισμό ή από κελιά αφού πολύ πιθανόν ο Άη Γιάννης να ήτανε μοναστήρι. Το κακό στην περίπτωσή του είναι ότι δεν υπάρχει καμιά γραπτή πηγή αλλά ούτε και προφορική παράδοση γεγονός που μας κάνει να συμπεράνουμε ότι πιθανόν να ερημώθηκε βίαια.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου Πεζέτη (εορτ. 29 Αυγούστου) αποτελούσε καθολικό μικρής μονής στην τοποθεσία Ξεβίγλι, όπως μαρτυρούν ίχνη από τα κτίρια των μοναχών. Ήταν μετόχι της μονής Αγίου Ιωάννη Θεολόγου στην Ανώπολη. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες δύο φάσεων, του 12ου και του 14ου αιώνα, από τις σπουδαιότερες στην Κρήτη.
Ο ναός της Αγίας Πελαγίας βρίσκεται σε σημείο με πανοραμική θέα στην Άνω Βιάννο και η πρόσβαση γίνεται με περπάτημα στα όμορφα σοκάκια του χωριού. Ο ναός χρονολογείται στον 14ο αιώνα και φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες του 1360 (χρονολογία που αναγράφεται στην είσοδο).
Κοντά στην Καρκαδιώτισσα, στον έρημο σήμερα οικισμό Αγαλαντέ, σε μια περιοχή κατάφυτη με αιωνόβιους δρυγιάδες, λειτούργησε κατά την Ενετοκρατία το μετόχι της μονής του Αγίου Γεωργίου Επανωσήφη, αφιερωμένο στον Αστράτηγο Μιχαήλ Αρχάγγελο. Παρά την πολυετή πολιορκία του Χάνδακα από τους Οθωμανούς, το μνημείο αυτό δεν υπέστη τις καταστροφές που γνώρισαν τα περισσότερα μοναστήρια της επαρχίας Τεμένους και οι τοιχογραφίες του 15ου αιώνα διασώθηκαν σε σχετικά καλή κατάσταση.