Από τα πρώτα Χριστιανικά Χρόνια, η Κρήτη αποτέλεσε κοιτίδα της Ορθοδοξίας, γεγονός που αποτυπώνεται έντονα στα εκατοντάδες θρησκευτικά μνημεία του νησιού. Ακόμη και οι αγώνες των Κρητικών για ελευθερία, τις περισσότερες φορές, ξεκινούσαν από τις μοναστικές κοινότητες, που ήταν διάσπαρτες στο νησί.

Η θρησκευτική παράδοση είναι εξαιρετικά έντονη σε όλες τις περιοχές της Κρήτης και παρούσα στην καθημερινή ζωή των Κρητικών. Με αυτόνομη αρχιεπισκοπή, ξεχωριστή από την υπόλοιπη Ελλάδα, χιλιάδες τόπους λατρείας και δεκάδες μοναστήρια που έχουν παίξει ιδιαίτερο ρόλο στην εδραίωση του Χριστιανισμού και στην ιστορία του τόπου κατά των κατακτητών, η Κρήτη, αποτελεί ένα μοναδικό θρησκευτικό προορισμό.

Από τα πρώιμα χριστιανικά χρόνια, όταν ο Απόστολος Παύλος επισκέφτηκε την Κρήτη και έμεινε για δύο χρόνια, η Κρητική Χριστιανική παράδοση ζυμώθηκε μέσα στους αιώνες. Μοναδικοί τόποι μοναστικής αυτοεξορίας, ίχνη από πρωτοχριστιανικές βασιλικές και αγιογραφημένοι Βυζαντινοί Ναοί βρίσκονται σε όλο το μήκος της Κρήτης.

Πολλά μοναστήρια διαδραμάτισαν σπουδαίο ιστορικό ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία. Δεν πρέπει να παραλείπεται και η τεράστια άνθιση της Κρητικής Αγιογραφίας, με κορυφαίους εκφραστές το Δομήνικο Θεοτοκόπουλο και το Μιχαήλ Δαμασκηνό.

Στην Κρήτη, οι πρώτες βασιλικές, δηλαδή οι ναοί που ακολουθούσαν συγκεκριμένο αρχιτεκτονικό τύπο, ιδρύθηκαν τον 4ο αιώνα. Λείψανά τους σώζονται ακόμη και σήμερα και προκαλούν δέος, λόγω των μεγάλων διαστάσεων και της επιβλητικής τους εμφάνισης.

Στην Κρήτη έχουν εντοπιστεί περίπου 80 βασιλικές, γεγονός που υποδηλώνει μια οικονομική ακμή, καθώς η κατασκευή τόσο μεγάλων μνημείων ήταν πολυδάπανη. Η Γόρτυνα, πρωτεύουσα της Κρήτης ως την Αραβοκρατία, φιλοξένησε τη μεγαλύτερη από αυτές και ήταν αφιερωμένη στον Άγιο Τίτο. Λείψανά της σώζονται δίπλα στη Μητρόπολη Μεσαράς, ενώ μια μικρότερη διατηρείται σε κοντινή απόσταση.

Εκτός από τις βασιλικές της Γόρτυνας, σώζονται ίχνη ανάλογων θρησκευτικών μνημείων στη Χερσόνησο, στο Φραγκοκάστελο, στην Ελούντα, στην Αλμυρίδα, στο Πάνορμο, στα Γουλεδιανά, στη Σούγια, στην Ελεύθερνα και σε άλλα μέρη της Κρήτης.

Το πέρασμα του Αγίου Παύλου από το νησί, άφησε μια σπουδαία παρακαταθήκη για τους μελλοντικούς πρεσβευτές της Χριστιανικής πίστης. Ο αντικαταστάτης του, Άγιος Τίτος, σύντομα έγινε ευρύτατα γνωστός για την εξέχουσα προσωπικότητά του. Σήμερα η κάρα του φυλάσσεται στον επιβλητικό ναό του Αγίου Τίτου, στο Ηράκλειο.

Μια άλλη σπουδαία μορφή, ο οποίος θεωρείται και ιδρυτής του ασκητισμού στο νησί, ήταν ο θαυματουργός Άγιος Ιωάννης ο Ξένος. Ο Ιωάννης έφτασε στην Κρήτη με άλλους 98 ασκητές από την Αίγυπτο και διέμεναν σε σπηλιές, στο σημείο που βρίσκεται σήμερα η Μονή Αζωγυρέ. Αργότερα, αποσύρθηκε μόνος του στα σπήλαια της Μαραθοκεφάλας και του Ακρωτηρίου, όπου αναπτύχθηκε μια πλούσια ασκητική παράδοση.

Ένας άλλος επίσκοπος Κρήτης, ο Άγιος Μύρων από το Ραύκο, εορτάζεται με λαμπρό πανηγύρι στο ομώνυμο χωριό, όπου υπάρχει η σκήτη του, από την οποία αναβλύζει αγίασμα. Ακόμη, κατά την αυτοκρατορία του Δέκιου, αποκεφαλίστηκαν για την πίστη τους δέκα Χριστιανοί. Στο σημείο που μαρτύρησαν κτίστηκε το χωριό, Άγιοι Δέκα.

Η έλευση του Αγίου Ιωάννη του Ξένου στην Κρήτη ήταν η απαρχή μιας σπουδαίας ασκητικής παράδοσης, που συνεχίζεται ως και τις μέρες μας. Δεκάδες ερημίτες απομονώθηκαν στα πιο απόμερα σημεία του νησιού, δημιουργώντας ζωντανές ασκητικές κοινότητες, που στην πορεία μετεξελίχθηκαν σε ακμαία μοναστήρια.

Σπουδαίο παράδειγμα ερημητηρίου, η μονή Καθολικού στο Ακρωτήρι Χανίων, στα σπήλαια του οποίου, ασκητές, ζούσαν τον αυστηρό μοναχικό τους βίο, εγκαταλείποντας τις εγκόσμιες απολαύσεις. Εξίσου σημαντικές ήταν οι θρησκευτικές περιοχές των άγριων χερσονήσων της Γραμβούσας και του Ροδωπού, με τις πολλές, πλέον ανενεργές, μικρές μονές.

Το μεγαλύτερο όμως ερημητήριο, φυσικά απομονωμένο από τον υπόλοιπο πολιτισμό, ήταν τα δύσβατα Αστερούσια Όρη. Εκατοντάδες σπηλιές από τον Άγιο Νικήτα, τον Κουδουμά, τον Άγιο Αντώνιο, τον Άγιο Ιωάννη ως και το Ακρωτήριο Λίθινο, φιλοξένησαν τους φιλέρημους Χριστιανούς κάθε εποχής. Οι σχέσεις ανάμεσα στους ασκητές ήταν τόσο περιορισμένες, που στο Αγιοφάραγγο και το Μάρτσαλο μαζεύονταν μόνο μια φορά το χρόνο, στο Γουμενόσπηλιο, για να μετρηθούν και να δουν πόσοι επιζούν.

Στην Ανατολική Κρήτη, το μεγαλύτερο πεδίο ασκητισμού είναι το ορεινό Μιραμπέλο με τις δεκάδες μικρές μονές, τις οποίες συναντάει κανείς σε κάθε βήμα του. Εδώ οι ασκητές έκτιζαν μικρά μοναστήρια, στα οποία διέμεναν συνήθως μόνοι.

Σε όλη την Κρήτη υπάρχουν εκκλησίες με υπέροχες νωπογραφίες που εκφράζουν την εξέλιξη και τις τάσεις της θρησκευτικής τέχνης από τα πρώτα Βυζαντινά Χρόνια ως και τη Σχολή της Κρητικής Ζωγραφικής. Ωστόσο υπάρχουν κάποιες περιοχές που ο αριθμός των ναών αυτών είναι πραγματικά εντυπωσιακός.

Εκτός από το μεγάλο θρησκευτικό κέντρο του Μιραμπέλου, η περιοχή του Αβδού και της Επισκοπής Πεδιάδος στο Ηράκλειο είναι διάσπαρτη με μνημεία εξέχουσας καλλιτεχνικής και θρησκευτικής αξίας. Η περιοχή που μπορεί να χαρακτηριστεί ως το μεγαλύτερο πάρκο αγιογραφικής τέχνης βρίσκεται στις επαρχίες Σελίνου και Κισάμου, με τις δεκάδες μικρές αγιογραφημένες εκκλησίες, ζωγραφισμένες από πολύ γνωστούς ζωγράφους της εποχής τους.

Εξαιρετικά δείγματα αγιογράφησης και εκκλησιαστικής αρχιτεκτονικής υπάρχουν βέβαια και σε πολλά άλλα μέρη της Κρήτης. Ένα από τα διασημότερα μνημεία είναι η Παναγία Κερά της Κριτσάς, ενώ άλλα γνωστά μνημεία είναι ο Άγιος Νικόλαος στα Κυριακοσέλλια, η Παναγία στο Μέρωνα, η μονή Βαρσαμόνερου, η Παναγία Ελεούσα στην Κιθαρίδα και πολλά άλλα.

Με το πέρασμα από τη λατρεία των Ρωμαϊκών θεών στο Χριστιανισμό, πολλές από τις προηγούμενες συνήθειες ενσωματώθηκαν στη νέα θρησκεία. Λατρευτικά Σπήλαια και Ιερά Κορυφής των Μινωιτών, αφού εξακολούθησαν να υπηρετούν τις θρησκευτικές ανάγκες του Δωδεκάθεου και αργότερα προσαρμόστηκαν στις ρωμαϊκές δοξασίες, έδωσαν τελικά τη θέση τους σε Χριστιανικούς ναούς.

Σπήλαια σε απόκρημνους γκρεμούς και φαράγγια, ακόμη και σήμερα χρησιμοποιούνται ως λατρευτικοί χώροι. Στα φαράγγια, οι ναοί αυτοί είναι συνήθως αφιερωμένοι στον Άγιο Αντώνιο, με χαρακτηριστικότερα παραδείγματα τα φαράγγια της Πατσού, του Αγιοφάραγγου, της Σαμαριάς, των Πλατανιών, του Γάλλου, του Κοτσυφού, ενώ άλλα γνωστά σπήλαια είναι του Αγίου Αντωνίου στον Κουδουμά, της Αγίας Σοφίας στα Τοπόλια, της Αγίας Δύναμης στην Αργυρούπολη, του Αγίου Ιωάννη Καπετανιανών, της Κεράς Σπηλιώτισσας στον Άγιο Θωμά, του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη στο Ακρωτήρι και στη Μαραθοκεφάλα, της Αρκουδιώτισσας, του Αγίου Ανδρέα στο Φινοκαλιά, της Παναγίας Σπηλιώτισσας στο Χουδέτσι, της Αγίας Φωτεινής στο Αβδού και άλλα.

Στις κορυφές που κάποτε δέσποζαν ιερά, σήμερα τη θέση τους έχουν πάρει Χριστιανικά μνημεία, πολλές φορές αφιερωμένα στον Τίμιο Σταυρό ή στον Προφήτη Ηλία. Εντυπωσιακοί είναι οι ναοί του Χριστού, στο ιερό μινωικό βουνό του Γιούχτα, του Τιμίου Σταυρού στην ψηλότερη κορυφή της Κρήτης και στον Κόφινα, του Αγίου Παντελεήμονα στην αρχαία Ριζηνία, των Αγίων Πάντων στο Βρύσινα και σε άλλα σημεία.

Ο επισκέπτης της Κρήτης έχει τη δυνατότητα να θαυμάσει τα έργα της εκκλησιαστικής τέχνης σε πολυάριθμες συλλογές και μουσεία σε όλο το νησί. Παμπάλαιες εικόνες, ιερατικά σκεύη και άμφια, επιγραφές, εκκλησιαστικά κείμενα και βιβλία είναι μερικά από τα εκθέματα που συνήθως προβάλλονται.

Οργανωμένες εκκλησιαστικές συλλογές φιλοξενούνται στο Βυζαντινό Μουσείο Χανίων, το Εκκλησιαστικό Μουσείο Ρεθύμνου, ενώ πρόσφατα επαναλειτούργησε η σπουδαία Βυζαντινή Συλλογή του Ηρακλείου στη Βασιλική της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών.

Τα πιο ιστορικά μοναστήρια στεγάζουν συνήθως εκκλησιαστικά ή λαογραφικά μουσεία με πολύ αξιόλογα εκθέματα. Τέτοια μοναστήρια είναι οι μονές Αρκαδίου, Τοπλού, Τζαγκαρόλων, Γωνιάς, Χρυσοπηγής, Πρέβελη, Καλυβιανής αλλά και το Εκκλησιαστικό Μουσείο Ρουστίκων.