Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο κέντρο των Μαργαριτών και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός. Κάτω από το στρώμα σοβά έχουν αποκαλυφθεί μερικές τοιχογραφίες του 1383. Στην είσοδο του ναού υπάρχει οικόσημο.
Τα χρόνια της Ενετοκρατίας αποτελούσε καθολικό μοναστηριού, ενδιαιτήματα του οποίου σώζονται περιμετρικά του. Το καλύτερα σωζόμενο είναι το επίμηκες διώροφο κτίριο στα δυτικά του. Διατηρείται σε καλή κατάσταση το καμαροσκεπές ισόγειο, ενώ αντίθετα ο όροφος του είναι ημιερειπωμένος.
Σε μια απόμερη και καταπράσινη τοποθεσία βόρεια από το χωριό Πενταμόδι, ένας χωματόδρομος μας οδηγεί στο μικρό μονόχωρο ναό της Αγίας Παρασκευής. Ο περιβάλλων χώρος του ναού είναι όμορφα διαμορφωμένος και εδώ διοργανώνονται συχνά πολιτιστικές εκδηλώσεις.
Ο σημερινός μονόχωρος ναός που είναι κτισμένος ακριβώς στο ίδιο σημείο με τον παλιό είναι αρκετά απλός με λιτή διακόσμηση στο εσωτερικό του. Το στοιχείο που μαρτυρά την παλαιότητά του είναι η βάση του τοίχου της ανατολικής πλευράς του ναού που είναι απομεινάρι του παλαιότερου κτίσματος και εξέχει φανερά από το μεταγενέστερο τοιχίο που υπάρχει από την βάση και πάνω.
Ο διπλός ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο νεκροταφείο του οικισμού της Αρχαίας Ελεύθερνας. Ο αρχικός του 10ου αιώνα έχει τρούλο κι είναι κτισμένος στα ερείπια παλιότερου του 6ου αιώνα. Στον τρούλο σώζεται τοιχογραφία του Παντοκράτορα, ενώ στο δάπεδο υπάρχει τάφος.
Κοντά στη Γαλίφα Πεδιάδος σώζεται ο δίκλιτος ναός της Αγίας Παρασκευής και του Αγίου Παντελεήμονος. Ο ναός που χρονολογείται στον 13ο αιώνα φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες επαρχιώτη ζωγράφου σε πολύ καλή κατάσταση.
Βόρεια από τους Κουνάβους, στη ρεματιά που συγκεντρώνει τα νερά της περιοχής πριν μετατραπεί στο μικρό φαράγγι των Κουνάβων, συναντάμε το ναό του Αγίου Ιωάννη του Πρόδρομου. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα.
Η Παλαιοχριστιανική Βασιλική Βυζαρίου, γνωστή στους ντόπιους ως Ρημοκκλησά, ανασκάφτηκε το 1956 από τον Κ. Καλοκύρη. Ήταν τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική διαστάσεων 34μ.x 17μ.. Ο ναός που είχε δάπεδο από πήλινες πλάκες κτίστηκε τον 6ο αιώνα και ανακατασκευάστηκε τον 7ο-8ο αιώνα, αλλά καταστράφηκε πιθανότατα το 824 από τις επιδρομές των Αράβων.












































































