Η επαρχία της Ιεράπετρας φιλοξένησε έναν μεγάλο αριθμό μονών που δεν λειτουργούν σήμερα, κυρίως στις ορεινές περιοχές της Δίκτης κοντά στα σύνορα με την επαρχία της Βιάννου αλλά και στη οροσειρά της Θρυπτής.
Ναός Παναγίας Μεσοχωρίτισσας στις Μάλλες 
Ο ναός της Παναγίας της Μεσοχωρίτισσας βρίσκεται στο κέντρο του γραφικού χωριού Μάλλες της επαρχίας Ιεράπετρας. Είναι καμαροσκέπαστος ναός, στον οποίο έχει προστεθεί σε δεύτερη φάση εγκάρσιο κλίτος. Και τα δύο τμήματα από τις δύο φάσεις κατασκευής φέρουν τοιχογραφίες, με το δυτικότερο να είναι το νεότερο.
Ο ναός του Αγίου Νικολάου βρίσκεται σε κεντρικό σημείο του χωριού Μάλλες της επαρχίας Ιεράπετρας και με μια πρώτη ματιά νομίζει κανείς πως πρόκειται για νεότερο ναό. Ωστόσο, ο ναός χρονολογείται στην Ενετική Περίοδο αλλά έχει υποστεί εκτεταμένες εργασίες συντήρησης, τόσο εξωτερικά, όσο και εσωτερικά.
Νότια του χωριού Μάλλες της επαρχίας Ιεράπετρας βρίσκεται το ερειπωμένο σήμερα χωριό της Λούτρας, όπου δεσπόζει ακόμη ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου δίπλα σε ένα όμορφο κυπαρίσι. Λόγω του μεγέθους του, πιστεύεται ότι υπήρξε έδρα Επισκοπής Ιεράς, όπως η κοντινή Παναγία Αρμού. Ο ναός είναι κτισμένος στη θέση παλαιότερης τρίκλιτης βασιλικής.
Το μοναστήρι ήταν από τα ιστορικότερα και παλαιότερα στην Κρήτη, αλλά πλέον είναι ερειπωμένο και το μόνο που σώζεται είναι καθολικό που είναι αφιερωμένο στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Το καθολικό της Παναγίας είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός με πανέμορφο τέμπλο του 1869.
Η μονή της Παναγίας της Καρυδιανής είναι ένα άγνωστό, αλλά ιστορικό μοναστήρι 6km δυτικά των Μύθων, στις νότιες υπερώιες των Λασιθιώτικων Βουνών. Το μοναστήρι που είναι κτισμένο σε μια καταπράσινη περιοχή σε υψόμετρο 750m με απίστευτη θέα στη θάλασσα και στο βουνό, αποτελεί μετόχι της μονής Φανερωμένης.
Ο δίκλιτος ναός του Αγίου Αντωνίου στο Μύρτος Ιεράπετρας είναι αφιερωμένος στον Άγιο Αντώνιο και την Ανάληψη του Ιησού. Πιστεύεται ότι κτίστηκε πριν τον 13ο αιώνα, ενώ αναφέρεται σε χάρτη του 15ου αιώνα. Ο ναός καταστράφηκε κατά την Ενετοκρατία και αναστηλώθηκε το 1853. Κατά τη διάρκεια εργασιών στα μέσα του 20ου αιώνα εντοπίστηκαν τμήματα μαρμάρινων κιόνων και αγαλμάτων.
Η απομονωμένη κι έρημη μονή του Αγίου Γεωργίου Άσσαρη είναι μετόχι της μονής Φανερωμένης. Γύρω υπάρχουν ίχνη από τα κελιά και τα βοηθητικά κτίσματα της μονής που λειτούργησε κατά την Ενετοκρατία.
Στο κεντρικότερο σημείο του κάμπου της Ιεράπετρας συναντάμε το χωριό Επισκοπή. Το όνομά του (όπως και οι άλλες Επισκοπές της Κρήτης) το οφείλει στο γεγονός ότι στη Βυζαντινή περίοδο υπήρξε έδρα Επισκόπου. Στο κέντρο σχεδόν του χωριού συναντάμε τον εντυπωσιακό ναό του Αγίου Γεωργίου και Αγίου Χαραλάμπους.
