Die Provinz Milopotamos beherbergte viele kleine Klöster und Einsiedeleien. Die zerklüftete Küste beherbergte viele asketische Zentren, die später aufgrund der Bedrohung durch die Piratenüberfälle in das innere Land verlegt wurden.
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Kirche von Panagia in Fodele 
Die Überreste der frühchristlichen Basilika von Fodele befinden sich auf dem heutigen Standort der Kirche von Panagia (11. Jahrhundert), gegenüber dem Museum von El Greco.
Die Kathedrale von Hl. John befindet sich in Episkopi, Provinz Mylopotamos, und ist ein kreuzförmiger Tempel mit einer Kuppel. Sie wurde im 13. Jahrhundert auf den Ruinen einer frühchristlichen Basilika aus dem 5. Jahrhundert erbaut.
300 m vom Kloster von Halepa entfernt befindet sich die Kirche Agia Marina mit alten Fresken. Die Kirche hat das Wappen der Familie Kallergis, eine der wichtigsten Familien der venezianischen Zeit, was bedeutet, dass die Region eines ihrer Lehnsgüter war.
Die Kirche von Agios Dimitrios ist eine besondere vierschiffige byzantinische Basilika mit einer Kuppel im vierten Seitenschiff. Ein Langhaus überlebt mit Fresken von Hl. Demetrius. Es gilt als Diözese von Ario und wurde an der Stelle eines antiken Tempels der Göttin Artemis (Diana) erbaut.
In der Mitte der Entfernung von Heraklion und Rethymnon und kurz vor Erreichen von Bali, direkt an der Autobahn treffen wir die Kirche von Panagia (Unsere Dame) Charakiani. Das ist die größte Pilgerfahrt in der gesamten Präfektur Rethymnon.
Kalo Horafi liegt etwa 37 km östlich von Rethymno und 43 km westlich von Heraklion, an der ehemaligen Stelle von 318 Agii Pateres (318 Heiligen Vätern) Kloster. Das Kloster überlebt heute nicht, aber es gibt eine neuere Kapelle, die daran erinnert.
Die Kirche des Zoodohos Pigi (Lebensspendbrunnen) in der Position Drakonero diente während der venezianischen Zeit als Kloster. Das ist die größte kreuzförmige Kirche mit einer Kuppel von Kreta (jener Zeit). Im Inneren der Kirche befindet sich eines der schönsten Arcosolium aus dem 16. Jahrhundert mit Wappen der Familie Tzangarolo.
In der Nähe des Strandes von Pera Galini befinden sich die Ruinen eines ehemaligen Klosters, das dem Heiligen Antonius gewidmet ist und von dem nur die Kapelle erhalten ist. Dieses Kloster wurde vermutlich wegen der ständigen Piratenüberfälle in der venezianischen Ära verlassen.
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