Das Historische Museum von Kreta vermittelt ein umfassendes Bild der Geschichte und Kunst Kretas von der frühchristlichen Zeit bis zum 20. Jahrhundert. Seine Sonderausstellungen beschäftigen sich mit Themen der byzantinischen und modernen Kunst, bedeutenden Persönlichkeiten der griechischen Literatur sowie wichtigen historischen Ereignissen. Wer sich eingehender mit der kretischen Geschichte beschäftigen möchte, kann das Historische Archiv von Kreta in Chania besuchen, das rund 170 Archivsammlungen und etwa 700.000 historische Dokumente und Handschriften beherbergt. In Chania befindet sich außerdem das Schifffahrtsmuseum von Kreta, das zweitälteste Museum seiner Art in Griechenland, dessen Ziel die Bewahrung und Präsentation der bedeutenden maritimen Tradition Kretas ist. Besonders sehenswert sind auch die byzantinischen Sammlungen von Heraklion und Chania sowie das Byzantinische Museum von Rethymnon, die hauptsächlich der byzantinischen und kirchlichen Kunst gewidmet sind.

Von besonderer Bedeutung sind auch die Sammlungen militärischer Gegenstände und historischer Archive, die an den Widerstand und die Kämpfe der Kreter gegen die verschiedenen Besatzer der Insel erinnern. Zu den bedeutendsten gehören das Militärmuseum von Rethymnon in Chromonastiri, das Historische Museum von Vorizia, das Museum des Nationalen Widerstandes in Therisso, das Badouvas-Museum des Nationalen Widerstandes in Heraklion, die Kriegssammlung von Keramia, das Anagnostis-Skalidis-Museum in Pervolia, das Kriegsmuseum von Askyfou und das Kriegs- und Ethnologische Museum von Argirakis in Episkopi. Ebenso wichtig ist die Erhaltung historischer Orte als Erinnerungsstätten. Dazu gehören die deutschen Tunnel von Platanias und die Makasi-Galerie in den Stadtmauern von Heraklion, die während der deutschen Besatzung als Haftstätte für Geiseln und Gefangene diente.